VARIANTS GÉNÉTIQUES: Le génome humain décrypté sur 14.000 personnes – Science

Cette très vaste étude de l'UCLA, sur la variation génétique humaine, publiée dans l'édition du 17 mai de la revue Science, montre que les variants génétiques ne sont pas si rares après tout. Cette étude de séquençage du génome de plus de 14.000 personnes apporte de multiples nouvelles informations : Elle identifie de nouvelles variations génétiques spécifiques aux principales pathologies, détecte des variations génétiques si rares qu'elles n'avaient jamais été identifiées, les localise aussi géographiquement sur certains groupes de population, bref, c'est l'une des études majeures de séquençage du génome humain.

L'équipe du Dr John Novembre, professeur adjoint d'écologie et la biologie évolutionniste à l'UCLA a étudié 202 gènes chez 14.002 personnes. Alors que le génome humain contient environ 3 milliards de paires de bases (ou nucléotides), ces scientifiques en ont étudié 864.000. Bien que ce soit seulement une petite partie du génome, la taille de l'échantillon soit plus de 14.002 personnes est l'une des plus importante des études de séquençage chez les humains. «Nos résultats suggèrent qu'il y a beaucoup, beaucoup d'endroits dans le génome où un individu ou quelques individus présentent des différences et la présence de variations génétiques dites rares est étonnamment commune dans la population ». Ainsi, la fréquence des variantes génétiques serait de l'ordre d'une chaque 17 bases, soit un taux considérablement plus élevé que prévu. Mais, la plupart du temps, soulignent les auteurs, une seule personne présente la variante génétique et les 14001 autres personnes ne l'ont pas.

Chercher la source génétique de la maladie : Si cette étude ne dit pas comment guérir une maladie en particulier, elle suggère que la maladie peut être causée par des variantes rares et qu'en trouvant la source génétique de la maladie, on trouve des indices sur la façon dont la maladie se développe et donc sur la façon de la traiter. Dans l'étude, 10.621 personnes avaient une des 12 maladies prises en compte, (dont maladie coronarienne, sclérose en plaques, trouble bipolaire, schizophrénie, arthrose, maladie d'Alzheimer) et 3.381 n'ont eu aucune des maladies. Etant donnée la taille de l'échantillon, elle apporte de nouvelles données importantes sur les variants génétiques (et protéines) associés aux différentes maladies et confirme que de nombreuses maladies peuvent être, au moins en partie, causées par ces variantes rares. Des variants génétiques qui n'auraient pas été détectables dans la plupart des études précédentes dont les échantillons ne dépassaient pas le millier de personnes.

La croissance démographique contribue à expliquer le grand nombre de variantes génétiques : « Le nombre très important de variantes rares identifiées est en partie dû au fait que les populations humaines ont connu une croissance très rapide », expliquent les chercheurs. Avec la croissance de la population humaine, la possibilité de mutations a également augmenté. Certaines des variantes observées sont « très jeunes ». La croissance et le nombre de transmissions de chromosomes d'une génération à l'autre a créé d'innombrables possibilités de mutations dans le génome.

Les chercheurs ont estimé les taux de mutation pour chacun des 202 gènes étudiés et montrent que le taux de mutation varie d'un gène à l'autre. Ils appellent à d'autres études de suivi pour identifier les facteurs qui influencent les taux de mutation.

Ces variants génétiques rares sont fréquemment concentrés géographiquement et ont été classés en fonction de leur fréquence d'apparition, une variation à fréquence inférieure à 0,5% n'ayant pu être identifiée auparavant.  

Source: Science 1217876 Published online 17 May 2012 DOI:10.1126/science.1217876 « An Abundance of Rare Functional Variants in 202 Drug Target Genes Sequenced in 14,002 People”