Ferrari étant très en difficultés en ce début de saison, il paraissait ainsi tout simplement impossible de croire qu'Alonso, grâce à des conditions météorologiques particulièrement humides, pourrait se retrouver en tête du peloton dès la moitié du Grand Prix de Malaisie. Cela s'est effectivement réalisé et l'autre grande surprise a été de retrouver la Sauber de Pérez dans les talons de la Ferrari au même moment. Ce dernier s'est fortement rapproché d'Alonso en fin de course mais il est finalement resté derrière la Ferrari. Il n'en fallait pas plus pour que certains accusent l'équipe italienne d'avoir ordonné à son équipe cliente en moteurs de lui laisser le chemin de la victoire. Il est vrai que l'écurie au cheval cabré a bien du mal à suivre ce chemin depuis le début de la saison dernière, et en 2012, il semble que les performances ne se soient pas améliorées par rapport au reste du plateau - cette course aux allures de loterie était quoi qu'il en soit l'occasion à ne pas manquer pour Ferrari.
Notons qu'un message radio a été envoyé à Pérez par son écurie en fin de course, lui demandant de rester prudent afin de garder sa deuxième position plutôt que de prendre des risques inconsidérés pour obtenir la première place. Ce type de message est cependant classique mais cela a aidé à former les rumeurs. Il a été dit au pilote mexicain : "Reste prudent. Nous avons besoin de cette position." Quelques minutes après, le public, qui se réjouissait de la bataille qui se préparait entre Alonso et Pérez pour les derniers tours du GP, a vu ce dernier pilote sortir au large de la piste au virage 14 et perdre cinq secondes, mettant quasiment fin à tous les espoirs de victoire de Pérez et de Sauber sur cette course. Cela a donc immédiatement provoqué d'importantes réactions mais le directeur de l'équipe insiste sur le fait qu'il n'y a eu aucune communication entre les deux teams.
À propos du message radio formulé par Marco Schüpbach, le conseiller de Pérez, Peter Sauber a commenté : "Cela voulait simplement dire que nous avions besoin du résultat. C'est un malentendu. C'était parce que derrière nous, toutes les équipes du milieu de grille - nos principaux concurrents - allaient marquer des points. Il était donc important pour nous de garder le résultat plutôt que de le perdre en prenant trop de risques pour la première place."
En demandant de nouveau s'il y avait eu un ordre par radio, les journalistes ont entendu Sauber leur répondre catégoriquement : "Non. Nous lui avons juste dit "Reste prudent, nous avons besoin de cette position.". C'est non à 100%. Il n'y a rien eu, je vous l'assure à 100%. Nous n'avons eu aucune discussion sur Pérez ni sur sa position.
Il a mené une course exceptionnelle et était au-dessus de nos attentes. Ce qui m'a surpris le plus, c'était qu'il soit très compétitif dans toutes les conditions météo et avec tous les pneus. Que ça ait été les pneus pluie, les pneus intermédiaires ou les pneus slicks, il a toujours été l'un des pilotes les plus rapides sur la piste, si ce n'est le plus rapide." On se souvient en effet du rythme endiablé du mexicain qui remontait sur Alonso à coups de meilleurs chronos améliorés à chaque nouveau tour. C'est cependant Kimi Räikkönen qui a signé le meilleur temps tout à la fin du Grand Prix.
Après deux Grands Prix disputés dans cette saison 2012, Sergio Pérez est 5è du classement pilotes avec 22 points, soit 13 de moins que le leader. De son côté, Sauber cumule un total de 30 unités grâce aux 8 autres points de Kobayashi et elle se situe 4è au classement des constructeurs, à 25 points de McLaren.