Mais la fondatrice va être supplantée par son assistante, Julie Richer et chassée de sa Congrégation. Après quelque temps de désarroi, elle vient à Paris demander asile aux Sœurs de Notre-Dame-de-Charité-du-Refuge, 109 rue Saint-Jacques (1874). Elle y fait profession religieuse et y vit quinze ans, très effacée, même méprisée. Elle meurt de phtisie le 7 juin 1889 ne laissant apparemment personne inconsolable.
Réhabilitée dès 1891, Marie Thérèse de Soubiran repose à Villepinte (diocèse de Saint-Denis) dans la chapelle du sanatorium de Marie-Auxiliatrice. Le 20 octobre 1946, le Pape Pie XII la proclame bienheureuse.
Congrégation Sœurs Marie-Auxiliatrice
27 Rue Maubeuge, 9ème arr.
M° Notre Dame de Lorette