Le chef militaire algérien Abd el-Kader va mener le Djihad contre l'occupation française et pratiquera le harcèlement permanent, propre aux mouvements de résistance, pendant 15 ans. Il déposera les armes en 1847 et sera emprisonné.
Dans un rapport de 1947, Tocqueville écrivait : « nous avons rendu la société musulmane beaucoup plus misérable, plus désordonnée, plus ignorante et plus barbare qu’elle n’était avant de nous connaître ». Avant la colonisation de l'Algérie, la terre appartenait aux tribus. La France s'est approprié les terres et les a revendus, la plupart du temps à des colons qui devenaient de grands propriétaires qui exploitaient les autochtones. L'ancienne aristocratie algérienne bénéficiait de largesse en travaillant par exemple pour les impôts. En conséquence des millions de paysans ont été déplacés dans des endroits peu propices à l'agriculture. La classe bourgeoise pouvait se pavaner sans difficulté puisque les colons de la classe ouvrière et les indigènes ne s'alliaient pas. En 1881, la France met en place le code de l'indigénat qui interdit aux indigènes de circuler librement, de se réunir sans autorisation et leur laisse un droit de vote, mais limité.
La Tunisie acquerra un statut différent de celui de l'Algérie (département français) : le protectorat. À la différence d'une annexion d'un territoire, le pays sous protectorat conserve et gère ses institutions. En revanche, la diplomatie, le commerce et l'armée sont gérés par la puissance coloniale et officieusement, celle-ci influence très largement la politique intérieur. Avant l'arrivée des Français, la Tunisie était dirigée par un préfet (bey) sous les ordres de l'Empire ottoman. La Tunisie avait contracté des prêts auprès de la France et pouvait difficilement refuser le protectorat français instauré par le Traité du Bardo le 12 mai 1881. De la même façon, au début du XXe, le Maroc s'endette auprès de la France. Le traité de Fès est signé le 30 mars 1912, mettant le Maroc sous protectorat français.
C'est lors de la conférence de Berlin — clôturée le 23 février 1885 — que les puissances coloniales s'accorderont dans le partage de l'Afrique (avec une règle et un crayon, sans prendre en compte la situation sur le terrain) et sur les règles de colonisation, dont la condition indigène (qui n'aura aucun impact). Les colonies africaines françaises se divisaient alors en deux : l'Afrique-Occidentale Française (AOF) et l'Afrique Équatoriale Française (AEF). Mais sur le terrain, les autochtones résistent... un peu... Dans ses colonies, les militaires français commettent d'incessants pillages. Le plus grand massacre aura lieu à Birni-N'Konni au Niger où les 15 000 habitants sont tués par la mission Voulet-Chanoine en route pour le Tchad. Là encore, les nazis n'ont pas le monopole de la cruauté.
La Réunion est découverte en 1642. Sa colonisation se fera de la même façon qu'aux Antilles avec des immigrants de la métropole et des esclaves d'Afrique. Après la seconde abolition de l'esclavage, celle de 1848, et la création du Canal de Suez en Égypte, l'ile est en déclin. Pour relancer son activité économique, un protectorat est instauré aux Comores et à Madagascar. Dans cette deuxième ile, la reine Ranavalona III, non concertée dans la décision s'en prend aux intérêts français. Mais très rapidement, 15 000 hommes sont envoyés pour annexer le territoire.
Les dernières acquisitions françaises se feront à la fin de la Première Guerre mondiale. Les Allemands défaits doivent céder le Cameroun et le Togo à la France.
En Océanie, Tahiti est visité pour la première fois par des Français en 1768 (Bougainville). Mais ce ne sera pas avant 1842 que l'ile sera sous protectorat français. Après avoir tenté de coloniser en vain la Nouvelle-Calédonie avec des missionnaires, la France envoie son armée pour en faire une colonie le 24 septembre 1853. En 1872, les communards arrêtés y sont envoyés (dont Louise Michel) et seront victimes d'une révolte indigènes. La France va s'évertuer à détruire la culture canaque. La Population va être divisée en deux entre 1853 et 1878. Les intérêts de la France sont ailleurs, pour le nickel.
La France n'a jamais pu avoir une grande influence en Inde, due à la présence des Britanniques. Le pays se contente alors de l'Indochine où il avait envoyé des missionnaires dès le XVIIe. La conquête militaire se fera à partir de 1852 jusqu'à 1896. L'Indochine française comprendra le Tonkin, l'Annam et la Cochinchine — regroupés en 1949 au sein de l'État du Viêt Nam — le Laos et le Cambodge.