Fin 2009, face au succès de l'auto-entrepreneur, les artisans et les professions libérales criaient à la concurrence déloyale. À l’époque, l’Union professionnelle des artisans (UPA) constatait une diminution du nombre d’entreprises inscrites au Répertoire des Métiers en janvier 2009 par rapport à janvier 2008 ainsi que des diminutions des stages préparatoires à l’installation. C’est dans les secteurs du bâtiment et de la coiffure que la concurrence est la plus vive. En effet, du fait de la législation, les auto-entrepreneurs ont un coût horaire bien en deçà du prix du marché. L’UPA y voit une forme de "dumping social".
Un amendement qui inquiète
De son côté, le président de l’Union des auto-entrepreneurs, François Hurel, a défendu sa cause en soulignant que les auto-entrepreneurs pouvaient participer d’une "autre manière à l’effort collectif". Selon François Hurel, l’assujettissement des auto-entrepreneurs à la TVA se ferait "au détriment de la simplicité de ce régime".Autre sujet d’inquiétude, l’amendement du député du Nouveau Centre Charles de Courson voté en commission des finances. Ce dernier demande que les auto-entrepreneurs produisent une attestation fournie par un tiers ( organisme de gestion agréé ou professionnel de l'expertise comptable) pour prouver qu'ils tiennent les document prévus par le code des impôts et que les déclarations de chiffre d'affaires déposé auprès de l'Urssaf réflètent ces documents. Selon la Fédération des Auto-Entrepreneurs, cet amendement signe, à moyen terme, la mort du statut de l’auto entrepreneur car il remet en cause sa raison d’exister : la simplicité des démarches administratives.