Contrairement à ce que pense une majorité de la population, le Conseil d'Etat est loin d'être exempt de toute influence lobbyiste. En particulier, ceux qui ont l'insigne honneur de pouvoir assister à des séances des Sections réunies en commission pleinière (Travaux Publics par exemple), notamment pour soutenir l'instruction d'un décret, peuvent percevoir le jeu des groupes de pression dans les prises de parole des différents membres présents.
Or, à l'heure où les décrets d'application de la Loi portant Engagement national pour l'Environnement (Loi "Grenelle 2") sont en cours de rédaction, ces luttes d'influence peuvent notamment se traduire par des "réduction de voilure" notables. Ces limitations sont d'autant plus difficiles à accepter par les différents partenaires associatifs qui ont participé à la démarche du Grenelle de l'Environnement, que le projet de loi avait déjà été fortement mis à mal lors des votes dans les Assemblées.
Ces atteintes à la neutralité des décisions d'une institution qui est censée la garantir peut être considérée comme problématique.
Quelques exemples récents, comme la formulation de la décision annulant l'autorisation de mise sur le marché du Cruser 350, soulignent l'influence des milieux économiques.
Heureusement, selon la sensibilité de président de séance, les enjeux environnementaux peuvent parfois faire entendre leurs voix.