Jadis, ce lieu était occupé par un cimetière dit des Saints-Innocents le plus important de Paris jusqu’à sa suppression en 1786.
Elle a été construite en 1546 et 1549 par Jean Goujou sur un dessin de Pierre Lescot, afin de célébrer l’entrée officielle du roi Henri II à Paris.
A noter que cette fontaine est la seule de style Renaissance à Paris.
Elle est transférée en 1787, de l’angle de la rue Saint-Denis à son emplacement actuel.
La fontaine des Innocents ne possédait à l’époque que trois arcades décorées de nymphes et de naïades. Il fallut donc sculpter une quatrième face et ce travail fut exécuté par Augustin Pajou qui fit l’effort de retrouver la même harmonie que son illustre prédécesseur. Il s’inspira alors de la statue de la Paix de Jean Goujon que l’on peut admirer au Louvre. Lorsque le marché des Innocents fut remplacé par un square en 1858, on déplaça une nouvelle fois la fontaine pour la faire trôner en plein cœur de la place en y ajoutant un piédestal à six vasques sur chaque face.
La fontaine des Innocents a la forme d’un petit temple quadrangulaire placé sur un très haut soubassement. Ce petit temple est percé de quatre arcades dont les axes se croisent.
À la manière d’un temple grec, chaque face possède un fronton triangulaire qui est surmonté d’un attique et l’édifice s’achève par une coupole hémisphérique. Les bas-reliefs font référence aux divinités des fontaines. En plein cœur du petit temple se trouve une vasque de laquelle surgit un gros bouillon d’eau qui s’écoule sur le pavé après avoir franchi les arcades. L’eau est recueillie dans six petites cuves étagées qui sont accolées au soubassement. Sur les trois faces originales réalisées par Jean Gougon, l’on peut admirer de magnifiques naïades au corps voilé réalisées en bas-relief et qui s’insèrent entre les pilastres. Chaque attique est décoré de scènes mythologiques.
D’une rare élégance, la fontaine des Innocents est un édifice qui est considéré comme un vrai chef-d’œuvre grâce à la finesse de ses contours et à la grâce du style.