Période des Kofun
Kofun de l'empereur Nintoku à Sakai
Les chefs religieux répandaient déjà le culte de la déesse du soleil prétendant descendre de celle-ci (Connue aujourd'hui sous le nom d'Amaterasu). Leurs insignes étaient les mêmes que ceux encore utilisés à noter époque par la famille impériale du Japon. Le sanctuaire d'Ise, qui existe toujours, était le centre de culte principal de l'archipel. Le fait que la lignée impériale aie historiquement pour origine une déesse (et non un dieu), donna au départ accession aux femmes à la direction des tribus.
Période d'Asuka
Le prince Shotoku
A partir du VIe siècle la multitude de tribus est petit à petit remplacée par un état japonais, divisé en clans appelés uji. Chaque clan se forme sous la direction d'un chef héréditaire et adorent une même divinité. Ces clans sont ensuite à nouveau subdivisés en groupes professionnels appelés les be. Eux aussi sont héréditaires et ont chacun des fonctions particulières comme le tissage, l'agriculture etc. Tous sont donc soumis à l'état du Yamato et à leurs chefs, de manière directe pour certains et de manière autonome pour d'autres. Avec cette nouvelle hiérarchie plus organisée, l'état clanique du Yamato, ne tarde pas à s'imposer sur tout l'archipel, à l'exception de l'ile d'Hokkaïdo au nord toujours habitée par les Aïnus. La capitale de l'état a changé de place très souvent pendant cette période, mais a souvent été fixée au village d'Asuka.Les migrations depuis la Chine et la Corée apportèrent avec elles le Bouddhisme, alors les croyances issues des périodes précédentes prirent le nom de Shinto. La religion shinto a pour particularité de rendre extensible la notion de sacré pour la faire toucher à tout et n'importe quoi. Aussi les lieux de culte et fêtes Shintoïstes étaient excessivement nombreux. Aujourd'hui encore ils sont quelques dizaines de milliers à travers le Japon, souvent reconnaissables à leurs portiques (les torii).
Milieu du VIe siècle, la Chine connait son âge d'or, qui rejaillit sur le Japon. L'état du Yamato promulgue officiellement le Bouddhisme comme religion, qui occultera rapidement du pouvoir les conservateurs Shitoïstes*. Dès lors le Japon emprunte à la Chine son savoir (littérature, technologie...), par l'intermédiaire d'ambassadeurs et d'observateurs qui rapporteront et diffuseront leurs nouvelles connaissances, mais aussi sous l’impulsion du prince Shotoku qui en 604 promulgue la constitution des 17 articles (bases de droit civil tiré du bouddhisme et mettant en avant l'honneur). Conscient de leur rôle d'unique vecteur de modernisation du pays, ils ne tardent pas à modifier l'équilibre des forces à la cour du Yamato la faisant entrer dans "l'ère du grand changement".
Pour parfaire la copie du modèle chinois et dans une volonté de se monter à son égal, le prince Shotoku devint empereur de l'état du Yamato, commençant ainsi ses lettres aux empereurs Chinois : "De l'empereur du Soleil levant à l'empereur du soleil couchant". Ainsi et jusqu'à notre époque contemporaine, l'empereur japonais cumule les autorités religieuse et exécutive suprême. A la seconde moitié du VIIIéme siècle, les femmes qui jusqu’alors pouvaient accéder au trône en furent écartée suite à la tentative d'un bonze d'y accéder en usant de son ascendant sur une impératrice. Plus globalement le statut social de la femmes perdit à cette époque de son ancien prestige. Autour de l'empereur se mit en place un gouvernement similaire à celui de la Chine, mais inadapté ; le Japon étant beaucoup plus petit que la Chine et sa structure encore trop éclatée en clans. Beaucoup des ministères créés alors n'avaient une fonction que théorique, inapplicable sur le terrain.
* Le shintoïsme existe toujours aujourd'hui au Japon et se mêle au Bouddhisme. Les vénérations de départ sont cependant souvent considérées comme mythologiques, seules les déifications de l'empereur et des soldats morts pour la patrie persistent.