Time has come today – 3.01 (diffusé le 21.09.06)
Meredith, George, Cristina et Alex sont tous chez Meredith essayant de faire sortir Izzie, qui ne se remet pas de la mort de Denny et qui est allongée dans la salle de bain depuis plusieurs heures. Chacun leur tour, ils tentent de la réconforter... Meredith confie à Cristina qu'elle a couché avec Derek la veille à l'hôpital. Pendant ce temps au Seattle Grace, ce n'est pas sans émotion que Bailey identifie le cadavre de Denny. Des blessés d'un accident de voiture et un bébé prématuré font irruption aux urgences alors qu'une épidémie de grippe envahit le service...
I Am a Tree – 3.02 (diffusé le 28.09.06)
Izzie, qui déprime toujours après la mort de Denny, essaye de se "soigner" en faisant des muffins... Cristina, pour réconforter Burke après son opération de la main, lui fait un strip-tease dans sa chambre d'hôpital, juste au moment où les parents de celui-ci font irruption dans la chambre... Meredith prévient Cristina que si à la fin de la journée, elle n'a toujours pas choisi entre Derek et Finn, elle laissera le destin décider en choisissant à pile ou face. George et Alex tentent de convaincre Bailey de parler à Izzie afin qu'elle décide de réintégrer le programme. Les internes suivent les cas d'une femme ayant un cancer du poumon qui ne doit rien avaler avant son opération, et d'un homme atteint d'un cancer au cerveau qui tient des propos inappropriés...
Sometimes a Fantasy – 3.03 (diffusé le 5.10.06)
George craint que Callie ne s'installe définitivement à la maison. Il essaie de convaincre Meredith de mettre la jeune femme dehors... Izzie a l'intention d'aller à l'hôpital pour parler au Chef et voir si elle peut revenir... Addison tente de faire rentrer Mark à New York après avoir passé une nuit avec lui à l'hôtel, mais il est décidé à rester... Burke s'entraîne avec difficulté pour retrouver le potentiel maximum de sa main après son opération. Meredith accepte de sortir dîner avec Derek et de déjeuner avec Finn le même jour... Alex traite une petite fille qui dit être dotée de super-pouvoirs...
What I Am – 3.04 (diffusé le 12.10.06)
Meredith doit être opérée de l'appendicite. Elle n'arrive toujours pas à faire son choix entre Derek et Finn, et divague sous l'effet des anesthésiques. Burke a encore des tremblements à la main, et tente de recouvrir toutes ses facultés. Alors qu'il s'apprête à opérer un patient défiguré par l'explosion de son tube d'oxygène, Mark essaie à nouveau de reconquérir Addison. Mais celle-ci bien d'autres problèmes, avec une femme sur le point d'accoucher qui refuse la césarienne. Izzie rencontre pour la première fois le père de Denny, venu lui apprendre une bien étrange nouvelle...
Addison décide de révéler à Derek la vérité sur sa relation avec le docteur Glamour : il n'était pas qu'une simple aventure pour elle, mais bel et bien une relation sérieuse. Alors que Meredith est sous ses ordres pour la journée, elles héritent du cas d'un couple divorcé, quelque peu " coincé " par des retrouvailles mouvementées... Bailey doit quant à elle assumer ses responsabilités dans la mort de Dennis. Burke a à nouveau l'autorisation d'opérer, mais craint que ses tremblements à la main ne lui posent des problèmes.
Cristina à l'occasion d'assister Burke dans toutes ses opérations, personne n'étant au courant de son problème de tremblements. Si tout se passe bien, il n'en va pas de même pour le docteur Bailey, écartée par Cristina d'une opération rarissime : elle commence alors à douter de ses capacités de chirurgien. Izzie est de retour au Seattle Grace, mais n'a pas encore le droit d'exercer : elle ne peut pour le moment qu'observer, ce qu'elle ne supporte pas très bien...
Where the Boys Are – 3.07 (diffusé le 9.11.06)Alors que les hommes du Seattle Grace partent en camping pour le week end, les femmes sont confrontées au cas d'une jeune femme enceinte ayant perdu son enfant sans s'en rendre compte. Cristina, quant à elle, est questionnée par Bailey, qui veut savoir si elle est responsable de son éviction de la salle d'opération de Burke. Devant son refus de lui dire la vérité, Bailey décide d'employer la manière forte : Cristina est cantonnée aux tâches ingrates, obligée de s'occuper d'un enfant ayant avalé des pièces de Monopoly.
Staring at the Sun – 3.08 (diffusé le 16.11.06)
Le père de Georges arrive à l'hôpital : il a un problème cardiaque nécessitant une intervention chirurgicale lourde. George décide de confier cette opération au docteur Burke, mais il n'est pas au courant de ses tremblements. Preston commence alors à douter de ses capacités, malgré les encouragements de Cristina, qui pense qu'ils sont capables de gérer cette intervention, comme les précédentes. Meredith et Derek forment à nouveau un couple et décident de travailler en bonne entente avec Addison.
From a Whisper to a Scream – 3.09 (diffusé le 23.11.06)Alors que Meredith décide de ne plus avoir de relations sexuelles avec Derek durant quelques temps, un accident de la route à lieu, ramenant son lot de blessés à l'hôpital. Addison hérite du cas de Janelle, une jeune femme ensanglantée qui s'évanouit dans ses bras. Izzie tente de faire de son mieux, bien qu'elle n'ait pas le droit de toucher les patients, ce qui lui pèse de plus en plus. Cristina commence à douter de l'aide qu'elle apporte à Burke, alors que l'intervention du père de George vient d'être programmée.
Don’t Stand so close to Me – 3.10 (diffusé le 30.11.06)L'ambiance est plus que tendue entre Cristina et Burke depuis que celle-ci a parlé au docteur Webber. La demi-soeur enceinte de Meredith est admise à l'hôpital, et son accouchement semble présenter des complications. Derek et Mark doivent faire équipe lors d'une opération impliquant 22 chirurgiens : la séparation de deux frères siamois, qui s'annonce très risquée pour la vie d'au moins l'un d'entre eux.
Six Days (part I) – 3.11 (diffuse le 11.01.07)
Izzie décide d'encaisser son chèque de 8 millions de dollars. Elle a néanmoins une forte réaction en le remettant à son banquier. Cristina, qui ne parle toujours pas à Preston, demande à Meredith de se renseigner sur la guérison de sa main par l'intermédiaire de Derek mais celle-ci refuse d'entrer dans son jeu. De plus, elle a ses propres problèmes personnels : Derek n'arrive pas à dormir avec elle car elle ronfle, et son père vient fréquemment à l'hôpital rendre visite à sa petite fille, la nièce de Meredith.
Six Days (part II) – 3.12 (diffuse le 18.01.07)
Une donation anonyme est faite à Heather, une jeune patiente atteinte d'une déformation à la colonne vertébrale. Bailey ne tarde cependant pas à apprendre que cet argent vient en fait d'Izzie, et reproche à la jeune femme son implication dans ce cas. Callie et Addison se conseillent mutuellement sur leurs relations avec les docteurs O'Malley, Karev et Sloane. Meredith et Derek se disputent encore au sujet du ronflement de Meredith, et le père de celle-ci lui apporte une solution à ce problème...
Great Expectations – 3.13 (diffusé le 25.01.07)Lorsque Meredith et Derek sont invités à dîner par Preston, ils ne se doutent pas que Cristina et lui ne se parlent toujours pas, et que Preston n'a pas convié sa compagne à se joindre à eux. Alors qu'elle les regarde manger, Cristina jette un froid en déclarant que le docteur Webber a demandé à Preston de prendre la relève à la tête de l'hôpital. George a quelques problèmes à se remettre de la mort de son père : il est en effet devenu une " bête de sexe ", et si Callie fait de son mieux pour qu'il exprime ses sentiments, lui ne l'entend pas de cette oreille.
Wishin’ and Hopin’ – 3.14 (diffusé le 01.02.07)Les chirurgiens du Seattle Grace sont encore sous le choc après l'annonce de Webber de quitter ses fonctions, mais très vite ils tentent d'obtenir ses faveurs dans l'espoir de devenir le prochain chef de l'hôpital. La mère de Meredith redevient lucide mais ne se souvient pas des cinq ans passés. Son état se dégrade brusquement et elle est transportée au Seattle Grace. Callie et George sont de retour à Seattle après des vacances de quelques jours. Ils ont une grande nouvelle à apprendre à leurs amis.
Walk on Water – 3.15 (diffusé le 08.02.07)
Un grave accident de bateau a lieu à Seattle, et devant le nombre des victimes, les médecins de l'hôpital doivent se rendre sur les lieux de toute urgence. Cristina, coincée au Seattle Grace, doit attendre le retour de Meredith pour lui annoncer son prochain mariage avec Burke. Mais Meredith a d'autres problèmes en tête : sa mère, qui a repris conscience, lui a tenu des propos assez durs, au moment même où Meredith tentait de renouer des liens avec elle. Karev découvre une jeune femme enceinte coincée par les débris et tente par tous les moyens de la sauver.
Drowning on dry Land – 3.16 (diffusé le 15.02.07)
Le nombre accru des personnes arrivant à l'hôpital oblige Alex à utiliser des moyens peu communs pour identifier et rassurer les victimes et leurs proches. Sur les lieux de l'accident, Derek cherche Meredith, mais celle-ci reste introuvable bien que l'un de ses patients porte sa veste. Izzie porte secours à un homme coincé entre deux voitures, et ne peut l'opérer qu'avec les moyens du bord, suivant à la lettre les conseils donnés au téléphone par Webber.
Some Kind of Miracle – 3.17 (diffusé le 22.02.07)
Les docteurs travaillent intensivement sur Meredith, qui n'a toujours pas repris connaissance. Le pire est peut-être à venir ... Addison s'occupe, avec Alex, d'une femme enceinte. Cristina, dépassée par tous les événements, se rend chez Joe "pour se saouler". Depuis plus d'une heure, les médecins travaillent sur Meredith. Miranda croit que tout est fini mais Richard insiste pour continuer leurs efforts.
Scars and Souvenirs – 3.18 (diffusé le 15.03.07)
Alex emménage dans la chambre de George, qui vit désormais avec Callie à l'hôtel. Il continue a travailler sur le cas de la Jane Doe , la femme enceinte qu'il a sauvé durant l'accident du ferry. Colin Marlow, l'un des professeurs de Cristina à Stanford, postule pour la place de chef de l'hôpital. Callie pense qu'Izzie éprouve des sentiments pour George, mais ce dernier lui affirme qu'ils ne sont qu'amis. Meredith hésite à nouer des liens avec la famille de son père.
My Favorite Mistake – 3.19 (diffusé le 22.03.07)
Izzie se réveille dans le même lit que George, et s'empresse de sortir de la chambre avant le réveil de ce dernier. Lorsqu'il se lève à son tour, elle comprend vite qu'il ne se rappelle pas de la nuit passée tant ils avaient bu. Le secret est de plus en plus difficile à garder, d'autant plus que le père de Callie arrive à Seattle pour avoir une explication avec sa fille et son mari. Les auditions pour le nouveau chef de l'hôpital sont lancées, et chacun tente de trouver la meilleure stratégie pour capter l'attention du jury.
Time after Time – 3.20 (diffusé le 19.04.07)
Tandis que George ne lui parle plus, Izzie est bouleversée par l'arrivée de sa fille à l'hôpital: la jeune femme a en effet fait adopter son bébé alors qu'elle n'avait que 16 ans, et malheureusement, sa fille souffre d'une leucémie. Derek découvre les raisons pour lesquelles il n'a pas été désigné comme chef par le docteur Webber, et Marlow poursuit toujours Cristina de ses assiduités. Elle décide de l'éconduire en lui montrant à quel point elle aime Burke.
Desire – 3.21 (diffusé le 26.04.07)
La première année de l’Interat se termine et pour les derniers exams de cette année, notre équipe a du pain sur la planche. Cristina, fidèle à elle-même ne pense qu’à réviser alors que Burke est obsédé par les préparations du mariage, et notamment le gâteau. Callie, depuis que son cher et tendre lui a délibérément menti, est suspicieuse sur la relation Izzie-Georges. Après s’être vu refusé le poste de chef, Derek est en proie aux doutes et s’éloigne peu à peu de Meredith. Quant au trio Addie-Alex-Ava, Addie tente enfin sa chance auprès d’Alex mais celui-ci, dû aux propos d’Ava la repousse sèchement, à partir de là, Addison songe à partir quelques temps …
The other side of this life – 3.22&23 (diffusé le 03.05.07)
D’un côté, il y a le pilot de Private Practice ou le départ d’Addison à Los Angeles retrouver sa meilleure amie de faculté afin entre autres de songer à une probable grossesse, qu’elle n’aura jamais. Elle découvre alors une clinique privée sympathique (pour elle, seulement) et une équipe plus ou moins soudée.
De l’autre côté à Seattle, les histoires se poursuivent. Mark est désespéré du départ d’Addison et en veut à Alex. Derek lui, continue de rejeter subtilement Meredith. Susan est admise à l’hôpital à cause de hoquet. Suite à une allergie au médicament donné, elle n’en resortira jamaios. Scène clé : le mari de Susan giflant sa fille. Du côté de Georges, il décide de partir continuer son internat à Mercy West mais Izzie refuse catégoriquement son départ et l’embrasse dans l’ascenseur.
Testing 1-2-3 – 3.24 (diffusé le 10.05.07)
Le père de Meredith annonce à sa fille que personne ne souhaite la voir aux funérailles de Susan. Meredith est sans dessus-dessous et en loupe son examen, l’on est écoeuré devant de tels acharnements de la part des scénaristes. Burke dans le monde de Burke demande à Derek d’être son témoin, comme si l’on se souciait de ce fichu mariage. Derek toujours distant se fait charmé par une jeune femme … Alex, lui découvre qu’Ava a retrouvé la mémoire depuis plusieurs jours. Georges lui est accepté à Mercy West et ses supérieurs n’en sont pas vraiment ravis. Izzie devenue totalement amoureuse le supplie de rester, devant le regard presque inquisiteur de Callie.
Didn’t we almost have it all ? – 3.25 (diffusé le 10.05.07)
Le jour du marriage entre Cristina et Burke est arrivé, Meredith s’assure auprès de Cristina qu’elle souhaite se marier. Leur fête est interrompue par un accident d’alpinisme. Derek annonce à Meredith qu’il a rencontré une femme hier soir. Callie demande à Georges de faire un enfant, sonné il repart sans rien dire mais accepte par la suite. Addison apprend qu’elle n’a pas été choisie pour le poste de chef, Richard lui dit qu’elle a besoin d’une nouvelle vie. Le chef des résidents a été enfin choisi : il s’agit de Callie.