Cette seconde partie est consacrée à la course contre la montre commencée au lendemain de la première attaque contre les tours jumelles en 1993. Elle revient notamment sur le grand mystère du 11-Septembre : plus d'un an avant les attaques, la CIA surveillait deux des futurs pirates de l'air qui s'apprêtaient à se rendre aux Etats-Unis, et faisait tout pour empêcher le FBI de le découvrir. Le film reconstitue, pièce par pièce, le puzzle de la traque d'Al-Qaida, mettant en perspective les rendez-vous manqués qui, à la manière d'un engrenage infernal, ont inexorablement conduit au matin du 11 septembre 2001.