Prototype avait réussi à se faire une petite place au soleil grâce à son héros aux super-pouvoirs impressionnants lui permettant de se débarrasser d'une armée en quelques secondes. Malheureusement pour lui, le titre édité par Activision a souffert de la concurrence de inFamous sorti au même moment ainsi que de graphismes brouillons. Exit Alex Mercer, héros du premier épisode, place à James Heller pour tenter de convaincre les réticents et offrir aux fans des massacres à encore plus grande échelle.
Il est obligatoire de passer par la case "résumé" du premier épisode pour vraiment se plonger dans l'histoire de Prototype 2. Alex Mercer, un scientifique qui a compris trop tard qu'il travaillait sur un virus testé sur des êtres humains, tente de s'enfuir et prend un échantillon de l'arme chimique avec lui. Il finit par libérer le virus, devenant ainsi une créature mutante pouvant absorber les autres humains pour leur voler leurs souvenirs et leur apparence. Il possède bien d'autres facultés offensives comme courir sur les murs, remplacer ses mains par des griffes, ses bras par des lames et bien d'autres choses encore. Durant l'épidémie provoquée par notre anti-héros, la famille de James Heller trouve la mort. Il décide alors de se venger en acceptant de subir la même transformation que Mercer, sauf qu'il se rend vite compte que son employeur n'est pas totalement innocent. Il part donc à la recherche de celui qu'il tient responsable de la mort de sa famille tout en s'enfuyant du centre de recherche où il se trouvait. Le scénario n'a rien de follement original, tout comme celui de Prototype, mais est suffisant pour justifier beaucoup d'action dans une ville au bord du chaos.
Pour Prototype 2, New York a été découpée en trois zones qu'il faudra explorer au fur et à mesure. Si dans le premier épisode on parcourait la même île mais à des niveaux de contamination différents, chacun apportant son lot de monstres, cette fois chaque carte a son propre niveau de danger comme dans la majorité des jeux bac à sable qui se respectent. Cette évolution influe aussi sur le gameplay puisque lorsque vous prendrez l'apparence d'un soldat dans un lieu sûr, les habitants seront aimables avec vous, alors que dans un quartier en quarantaine où les exécutions sommaires sont courantes, ils vous craindront et s'écarteront de votre route. L'IA a eu le droit à une refonte approfondie ce qui n'est pas un mal tant elle frôlait la stupidité la plus totale dans le premier volet. Il était très facile d'absorber n'importe qui après l'avoir tué avec une violence inouïe sans que cela n'alarme un garde à quelques mètres. Un système de témoin a été mis en place dans Prototype 2 afin de renforcer le côté infiltration. Désormais, lorsque vous voudrez prendre l'apparence de quelqu'un et que vous le ciblez, un oeil apparaitra au-dessus des gens qui vont voir la scène. Pour rester incognito, il faudra donc vous débarrasser de ces derniers avant de vous en prendre à votre véritable victime.
On ne sait pas encore comment vont évoluer les pouvoirs de notre héros mais ceux-ci resteront en majorité identiques à ceux du précédent épisode. Il faut dire que le virus donne exactement le même manteau et look aux gens qu'il infecte puisque Mercer et Heller se ressemblent comme deux gouttes d'eau, à part que l'un est blanc et l'autre noir, alors il est normal que ce soit la même chose pour les pouvoirs. On a juste pu apercevoir un peu de nouveauté avec la possibilité de se protéger des attaques grâce à une nouvelle capacité. Afin de faciliter le passage d'une compétence à l'autre, il sera possible de choisir deux pouvoirs en simultané et de passer de l'un à l'autre grâce à un bouton. Une nouvelle qui est la bienvenue tant il était difficile de changer d'arme en plein combat dans Prototype puisque cela obligeait à ouvrir un menu pour modifier son aptitude, ce qui devenait très rapidement redondant.
Il est difficile de juger l'aspect graphique puisqu'il s'agissait d'une version loin d'être finale mais le jeu semble plus propre que le premier qui avait tendance à faire mal aux yeux. Pour le reste, les développeurs ont pris conscience des défauts qui donnaient à Prototype un arrière-goût amer et semblent en très bonne voie pour les corriger. On ne sait pas encore si Prototype 2 aura les moyens de s'imposer comme une référence des jeux de super-héros, toujours est-il qu'il s'annonce déjà comme meilleur que son aîné, une impression à confirmer manette en main avec une version plus avancée.