Contrairement à la saison 6 de Stargate Atlantis en 2008 pour laquelle les scénaristes n'avaient pas vraiment d'éléments de la saison précédente à transférer, ils avaient imaginé plusieurs possibilités pour débuter la saison 3 de Stargate Universe.
Le producteur et scénariste Joseph Mallozzi a révélé sur son blog quelques scénarios possibles qui auraient pu voir le jour si la série avait été reconduite pour une troisième saison :
- Eli répare le caisson de stase : scénario le plus facile à mettre en place pour que le jeune homme s'en sorte facilement. Il se réveillerait donc 3 ans plus tard avec le reste de l'équipage (1 000 ans si le voyage du Destiny se passe mal). Mallozzi dit en plaisantant qu'il a "éjecté un scénario dans lequel l'équipage sort de stase et s'aperçoit qu'Eli n'est pas la pour les accueillir et envisagent le pire lorsqu'ils découvrent que le jeune homme dans le même caisson que Chloé Armstrong". A la lecture de ces 2 lignes, on est soulagé que cette hypothèse en soit restée à l'état de blague.
- Eli découvre une réserve d'énergie inexploitée qui lui permet de rester en vie durant 3 ans : toujours selon Mallozzi "c'est un scénario possible sans solution définitive. Il faudrait quelque chose de plus malin qu'une scène dans laquelle Eli annonce tranquillement à Rush et Young qu'il a réussi à détourner suffisamment de puissance pour rester en vie. Pour moi, cette solution passait forcement par la seule navette restante : Eli parvient à rediriger la puissance restant du Destiny vers le système de survie de la navette et rassemble suffisamment de vivre pour tenir 3 années".
- Eli ne réussit par à réparer le caisson de stase et télécharge sa conscience dans l'ordinateur du vaisseau : dans ce scénario, Mallozzi explique que le jeune homme est face à une situation critique pour sa survie et que des 2 mots, il dut choisir le moindre. Eli renonce donc à exister sous sa forme physique pour préserve au moins sa conscience via l'ordinateur du vaisseau. On note dans ce scénario une référence à l'ascension notamment en ce qui concerne le choix qu'il faut faire au moment de quitter son enveloppe physique.
Selon Mallozzi, "ce scénario était réservé à un éventuel film si nous avions eu le feu vert pour le tourner car nous ne pouvions pas imaginer qu'un personnage principal de la série existe à l'écran sous cette forme au cours de toute la saison. D'une certaine manière, Eli aurait retrouvé Ginn et aurait pu également contrôler le vaisseau pour aider l'équipage".
- l'intervention d'une équipe de sauvetage : pas aussi satisfaisante que solution venant de l'équipage lui-même, ce scénario a été envisagé par les scénaristes.
Au cours des 3 ans, la Terre peut trouver le moyen de contacter le Destiny grâce à la porte des étoiles et envoie une mission de sauvetage pour venir au secours des membres d'équipage. La source d'énergie utilisée pour composée l'adresse à 9 chevrons pourrait être une invention de Carter et McKay. L'apparition de guest star était surtout réservée au film prévu pour conclure la série après que les producteurs aient appris son annulation par SyFy.
Quand le Destiny arrive à court d'énergie et sort de VSL plusieurs centaines d'années après avoir dépassé la galaxie qu'il devait rejoindre, les secours se présentent sous la forme d'un groupe de descendants appartenant à une société militaire dotée d'une technologie avancée et qui maitrise les voyages interstellaires et dispose d'une armada de vaisseaux conséquente. Cependant, leurs motivations s'avèrent moins honorables qu'il n'en a l'air. Mallozzi dit "que c'était son scénario préféré".
Une équipe de sauvetage se présente sous la forme d'extraterrestre. Il se peut que les Aliens Bleus ait réussi à extraire des informations de Chloé qui leur ont permit de retrouver la trace du vaisseau ancien.
Quelle est la durée du voyage ? Mallozzi répond "de 3 à 1000 ans. Le voyage de 3 ans aurait permis à l'équipage de reprendre contact avec une Terre qui n'aurait pas beaucoup changé durant cette courte période. Un voyage d'une dizaine d'années aurait déjà été plus intéressant car elle offre des possibilités à l'histoire, notamment en ce qui concerne les êtres chers des membres de l'équipage car des changements majeurs auraient pu intervenir en 10 ans. Je me rappelle que nous avions même discuté d'un retour au beau milieu d'une guerre entre les terriens et l'Alliance Luxienne. Mais en ce qui me concerne, je préfère l'idée que les personnages ignorent le nombre d'années durant lesquelles ils ont été en stase et lors de leur reprise de contact avec la Terre, ils découvrent horrifiés qu'il s'est écoulé un siècle. Tous leurs proches sont morts et ils vont devoir s'adapter à un monde très différent à celui qu'ils ont quitté".
Une fois le voyage achevé, qu'arrivera-t-il à l'équipage ? Un certain nombre de développement ont été évoqué. Au départ, les scénaristes pensaient encore en termes de troisième saison et à l'époque, c'est l'idée d'une mission de sauvetage conduite par le Colonel Telford qui tenait la corde. La Terre réussissait finalement à composer vers le Destiny et grâce à une nouvelle source d'alimentation, les capacités du vaisseau en seraient renforcées sans toutefois pouvoir rentrer à la maison.
Lorsqu'il devint clair que la troisième saison ne verrait pas le jour, Brad Wright a lancé l'idée de faire 2 films. Le premier axé sur l'opération de sauvetage (avec des guest stars telles Samantha Carter, Rodney McKay et Daniel Jackson) et le deuxième centré sur une aventure qui aurait eu pour conclusion l'aboutissement de la mission du Destiny. Concernant ce deuxième film, Mallozzi ne préfère pas révéler de détails car il dit que "l'idée est ahurissante pour la série et la franchise Stargate".
En ce qui concerne la maladie de Tamara Johansen, Mallozzi précise « qu'ils auraient finit par trouver un remède au bout d'un certain moment mais j'aime bien l'idée de confronter un personnage principal à la mort en représentant ce combat par les premiers signes de détérioration physique qui sont les symptômes de la maladie de TJ.
De la même manière, j'aurais souhaité que Lisa Park demeure aveugle pour une durée plus longue pour montrer que malgré sa perte de la vue, elle peut continuer à se battre et être utile à l'équipage (comme l'idée qu'elle a eu dans Gauntlet, c'est-à-dire se servir de la navette comme leurre).
A propos des relations entre les personnages, Mallozzi dit "ignorer quels couples se seraient formés par la suite. De même, Ginn et Amanda Perry auraient probablement refait surface en étant téléchargées dans une partie de l'ordinateur plus appropriée que lors de leur dernière apparition".
Tous ces élements scénaristiques révélés par Mallozzi ne verront jamais le jour mais peuvent servir aux fans qui souhaitent écrire des fanfictions sur la suite de Stargate Universe.