Le procureur de la Cour de cassation demande à la Cour de Justice de la République d'enquêter sur le rôle de la ministre dans l'attribution de fonds versés à l'homme d'affaires en 2008.
À son arrivée à Bercy, au printemps 2007, l'affaire Tapie devient sa priorité. Le vieux dossier oppose Bernard Tapie au Crédit Lyonnais, alors détenu par l'État, à qui le repreneur d'entreprises a fait appel pour revendre Adidas en 1993. L'homme qui se lance alors en politique s'estime floué par la banque. Le Crédit lyonnais sera condamné par la Cour d'appel de Paris, en 2005, à lui verser 135 millions d'euros, décision annulée l'année suivante par la Cour de cassation. Au printemps 2007, la ministre de l'Économie décide alors d'écarter l'affaire de la procédure judiciaire ordinaire pour en confier le règlement à un tribunal arbitral.
En juillet 2008, Bernard Tapie se voit accorder 240 millions d'euros de réparations auxquels s'ajoutent 45 millions d'euros, non imposables, pour préjudice moral. La somme a été diminuée du règlement de son passif fiscal et social. Mais son enrichissement dans l'affaire est estimé par des députés socialistes à 210 millions d'euros, alors que Christine Lagarde avait parlé de 30 millions d'euros.