C'est aussi un site archéologique de grande importance. Les vestiges du palais d'Hérode sont des exemples exceptionnels et parfaitement intacts de ce type d'architecture, tandis que les travaux de siège, intégralement conservés, sont les plus beaux et les plus complets du monde romain.
Le palais-forteresse de Masada, construit par Hérode le Grand, roi de Judée qui régna de l'an 37 av. J.-C. à l'an 4 de notre ère, et en particulier le palais « suspendu » avec ses trois terrasses, est un exemple exceptionnel d'architecture somptueuse, d'ingénierie élaborée et de construction dans des conditions extrêmes. Le palais construit dans la partie nord de ce site montagneux grandiose est composé d'un groupe exceptionnel de bâtiments impériaux de style romain classique. Le réseau d'alimentation en eau était particulièrement sophistiqué, les eaux de ruissellement recueillies au cours d'une seule journée de pluie suffisant à faire vivre un millier de personnes pendant deux à trois ans. Ce système a permis de transformer un rocher stérile et isolé au climat aride en une luxueuse retraite royale.