Vers 200 apr. J.-C., les parties centrale et occidentale du territoire moderne de la République d'El Salvador ont été enfouies sous d'épaisses couches de cendres volcaniques crachées par le volcan Ilopango. La région fut alors abandonnée, si bien que l'évolution culturelle de la période maya préclassique y fut interrompue pendant plusieurs siècles, jusqu'à ce que la couche de cendres se soit transformée en un sol fertile.
La zone ne fut réoccupée que vers 400, et le site de Joya de Cerén a été fondé avant la fin du VIe siècle. Les fouilles étant toujours en cours, nous ignorons encore s'il s'agissait d'un petit village ou d'une agglomération plus étendue. Les structures mises au jour invitent à penser que ses habitants étaient des fermiers.
Peu après, vers 600, Joya de Cerén fut détruite par une éruption de la caldeira de Loma, située à moins de un kilomètre de distance. Bien que l'éruption n'ait affecté que quelque 5 km2 , elle recouvrit complètement cette zone sous 5 à 7 m de cendres volcaniques.
Le site a été découvert au cours de la construction de silos à grain gouvernementaux, en 1976, lorsqu'un bulldozer rencontra fortuitement un édifice construit en argile. Les fouilles, menées sous la direction de Payson D. Sheets (Université du Colorado) en 1978 et 1980, furent interrompues par la guerre civile. Reprises en 1988, elles ont continué depuis.