Parmi les difficultés rencontrées, on peut relever :
- La lourdeur de la méthode.
Développée dans un cadre scientifique, il en a la rigueur en particulier sur le niveau de précision des résultats. Cependant sa mise en oeuvre nécessite un travail important qui représente un engagement financier de plus de 200.000 € et 2 ans de travail pour chaque collectivité concernée.
- L'inadaptation structurelle de l'outil aux inventaires territoriaux.
Le périmètre de calcul, adapté à un processus industriel nécessite une adaptation pour les collectivités. Cette adaptation n'étant pas précisément cadrée, chaque collectivité peut l'ajuster à sa manière. De ce fait, il n'y a pas de comparaison possible entre les inventaires ainsi réalisés.
- La non additivité des Bilan Carbone.
Du fait de ces périmètres "à forme variable", mais aussi de la méthodologie qui prend en compte les émissions directes et indirectes et peut ainsi générer des doubles comptes, les inventaires de territoires voisins ne sont pas sommables pour obtenir l'inventaire d'un territoire plus vaste.
- L'instantanéité de la mesure.
Le Bilan Carbone ne permet pas d'évaluer les évolutions au cours du temps, induites notamment par les politiques publiques portées par les collectivités. Il faut renouveler l'exercice régulièrement pour mesurer l'évolution des émissions de gaz à effet de serre.
Il faut donc se féliciter que le législateur n'ait pas, au final, retenu la proposition initiale. Le coût pour la société aurait été trop important, pour des résultats très mitigés. Non pas sur le plan de la qualité scientifique, mais sur l'exploitation qui aurait pu être faite des résultats.