Édité par Disney et développé par TT Games, la version Nintendo 3DS donne vie à l'univers de
Pirates des Caraïbes en 3D, et ce dans les mains de tous les joueurs. Le jeu proposera, en plus de sublimes graphismes en haute définition, un mode exclusif, nommé "Duel de pirates", basé sur un
système de confrontations aléatoires.
Le mode "Duel de pirates" de la version Nintendo 3DS utilise le système StreetPass qui permet à une Nintendo 3DS de détecter automatiquement d'autres consoles Nintendo 3DS,
géographiquement proches, et d'établir une communication. Une fois la communication établie, les pirates peuvent se mesurer l'un à l'autre dans des combats où les joueurs doivent choisir une
série d'attaques et de parades à utiliser par leurs pirates LEGO.
Les joueurs s'affrontent dans des duels dans le but de gagner des médailles Nintendo qui leur permettront de débloquer de nouveaux personnages, qu'ils pourront ensuite incarner. En remportant ces duels, les joueurs cumulent des points d'expérience qui leur permettent ensuite de grimper dans les classements et de gagner de nouvelles récompenses dont des bonus de santé, de nouveaux mouvements, de nouveaux titres mais aussi des personnages supplémentaires.