Né à Prague, David Nykl arrive au Canada à Victoria avec ses parents dès l'âge de 2 ans, fuyant le régime communiste tchèque. Attiré par le théâtre et la comédie dès son plus jeune âge (il tournera une publicité pour Adidas), il sort diplômé de l'université de Colombie-Britannique dans le domaine des Arts.
Après avoir formé une troupe de théâtre (Ironworks), il parcourt l'Europe dans les années 1990, passe par Paris et retourne à Prague où il fonde la compagnie de théâtre anglophone la plus connue de Prague : Misery Loves Company. Acteur, directeur, producteur, directeur artistique, il fait tous les métiers du cinéma avant de rentrer à Vancouver. Ses voyages lui auront permis d'apprendre l'espagnol et le français en plus du tchèque et de l'anglais.
Il fait ses débuts en 1988 dans la série "Danger Bay". Il apparaît ensuite dans de nombreux films ou séries comme The Dead Zone, Cold Squad ou Eureka. Il intègre le casting de Stargate SG-1 pour un épisode en 2006 mais surtout de Stargate Atlantis en 2004 où il joue le rôle du Docteur Zelenka. Ce rôle lui vaudra une nomination aux Leo Awards dans la catégorie "Meilleure performance masculine". En 2008, il collabore au film "Helen" avec notamment David Hewlett et Goran Visnjic.
Dernièrement, il fait deux apparitions dans les séries Fringe et Human Target.