À la mort du Président, l'unité du pays, symbolisée par ses obsèques grandioses et consensuelles le 7 février 1994, est toujours maintenue. Une importante délégation française y assiste, composée de son ami le président François Mitterrand, du Premier ministre Édouard Balladur, des présidents de l’Assemblée nationale et du Sénat, Philippe Séguin et René Monory, de Valéry Giscard d’Estaing, de Jacques Chirac, de son ami Jacques Foccart et de six anciens Premiers ministres.
Après sa mort, la Côte-d'Ivoire est dirigée par Henri Konan Bédié ; mais, ce dernier n’a ni sa carrure, ni son charisme. Il suscite par des rivalités personnelles avec Robert Guéï, Laurent Gbagbo et l’ancien Premier ministre Alassane Ouattara, la mise en place en 1995 du concept d'ivoirité. Ces luttes ethniques, que Félix Houphouët-Boigny s'est toujours attaché à éviter au profit de la construction d'une « nation » ivoirienne, débouche en 2002 au conflit politico-militaire, proche d’une guerre civile.