Depuis l’élimination en 1980 de son « dauphin » Philippe Yacé, qui était président de l’Assemblée nationale et donc « de plein droit président de la République » en cas de vacance du pouvoir, Houphouët-Boigny retarde autant qu’il peut la nomination officielle de son successeur. Sa santé, de plus en plus fragile, attise les convoitises entre ses différents « héritiers » potentiels qui se mènent, entre eux, une véritable guerre. Finalement, le Premier ministre Alassane Ouattara, qui assure l’essentiel du pouvoir depuis 1990 du fait des hospitalisations répétés du président à l’étranger, est écarté au profit de son protégé Henri Konan Bédié, président de l'Assemblée nationale. En décembre 1993, en phase terminale d’un cancer, le « vieux » est ramené d’urgence dans son pays afin qu’il y meure. Il est maintenu en vie artificiellement pour que les dernières dispositions soient mises au point concernant sa succession. En accord avec la famille, Félix Houphouët-Boigny est débranché le 7 décembre.
À la mort du Président, l'unité du pays, symbolisée par ses obsèques grandioses et consensuelles le 7 février 1994, est toujours maintenue. Une importante délégation française y assiste, composée de son ami le président François Mitterrand, du Premier ministre Édouard Balladur, des présidents de l’Assemblée nationale et du Sénat, Philippe Séguin et René Monory, de Valéry Giscard d’Estaing, de Jacques Chirac, de son ami Jacques Foccart et de six anciens Premiers ministres.
Après sa mort, la Côte-d'Ivoire est dirigée par Henri Konan Bédié ; mais, ce dernier n’a ni sa carrure, ni son charisme. Il suscite par des rivalités personnelles avec Robert Guéï, Laurent Gbagbo et l’ancien Premier ministre Alassane Ouattara, la mise en place en 1995 du concept d'ivoirité. Ces luttes ethniques, que Félix Houphouët-Boigny s'est toujours attaché à éviter au profit de la construction d'une « nation » ivoirienne, débouche en 2002 au conflit politico-militaire, proche d’une guerre civile.