Dans MicroBot, les joueurs affrontent de dangereux ennemis en parcourant les vaisseaux sanguins, les os, les poumons ou encore le cerveau. Les rythmes et les écoulements des
fluides du corps humain créent un environnement dynamique qui modifie en permanence les déplacements et la manière de jouer, avantageant parfois le joueur ou lui imposant de nouveaux obstacles à
surmonter. Au fur et à mesure de l'éradication de la contamination, les joueurs collectent des fragments de données pour débloquer plus de 20 pièces micro technologiques. En utilisant les
nouvelles technologies qu'ils récupèrent, les joueurs peuvent configurer leur MicroBot selon leur stratégie. Avec des millions de combinaisons possibles, chaque joueur peut ainsi construire un
MicroBot qui corresponde exactement à son style de jeu.
Les joueurs peuvent également vivre une expérience multijoueur en affrontant en duo l'infection, avec le mode coopératif. Ils combattent alors côte à côte, mais améliorent également leurs MicroBots simultanément, grâce à l'éditeur coopératif innovant dans lequel ils travaillent ensemble pour créer l'équipe de MicroBots ultime. Enfin, en plus du Mode Histoire, MicroBot propose un Mode Défi passionnant aussi bien en solo qu’en duo, dans lequel il faut démontrer sa capacité de survie avec un unique vaisseau.