En prison, il rencontre Jose Cha Cha Jimenez, membre d'un gang chicano de Chicago qu'il transforme à sa libération, en 1969, en groupe des Young Lords. Hampton deviendra l'un des initiateurs de la Rainbow Coalition avec les Young Lords et d'autres collectifs.
Leader du Black Panther Party dans l'Illinois, il travaille à une alliance avec le gang Blackstone Rangers. Dans le cadre deCOINTELPRO, le dirigeant du FBI Edgar Hoover autorisa personnellement des opérations de déstabilisation de cette coordination 1.
Fred Hampton fut assassiné dans son appartement, pendant son sommeil, lors d'un assaut mené par le FBI et des policiers duChicago Police Department dans le cadre de l'opération COINTELPRO2. L'assaut avait été préparé par l'agent infiltré O'Neil, qui avait réussi à devenir garde du corps d'Hampton 2. Mark Clark, qui dirigeait la section de Peoria (Illinois) du BPP, fut également tué lors de l'assaut, et plusieurs autres membres blessés, dont Ronald Doc Satchell, Blair Anderson et Verlina Brewer. Les survivants, dont la fiancée d'Hampton enceinte de huit mois, Deborah Johnson, ainsi que Brenda Harris, Louis Truelock et Harold Bell, furent tous inculpés de « tentative de meurtre » sur les policiers - bien qu'aucune balle n'ait été tirée - et la caution demandée fixée à 100 000 dollars 2. Quatre jours après l'assaut, Elmer Geronimo Pratt fut la cible d'un raid analogue à Los Angeles .
Un documentaire produit par Mike Gray et sorti en 1971, intitulé The Murder of Fred Hampton, rend compte de cet évènement. La manipulation du FBI fut tellement explicite qu'elle mena à des inculpations pour obstruction d'enquête contre le state attorney Hanrahan et une douzaine d'officiers de police de Chicago. Toutefois, les charges furent abandonnées après un arrangement avec les survivants du raid en 1972, selon lequel eux aussi bénéficieraient de la suspension des poursuites . Les survivants se joignirent toutefois aux mères des victimes pour demander réparation, et en 1982 le district judge John Grady accorda 1,85 millions de dollars en dédommagements aux familles, soulignant la présence d'une « conspiration pour exclure de leurs droits civiques les Black Panthers »
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