Après avoir vécu avec Vaitiare Bandera qui interprète le rôle de Sha're et avec qui il a eu un enfant, il vit désormais avec Lexa Doig qui interprète le rôle du Docteur Lam. Ils ont eu ensemble 2 enfants.
Michael Shanks a étudié tout d'abord le commerce avant de décider de suivre sa vraie passion, jouant au théâtre à l'université de Colombie-Britannique, où il reçut un diplôme d'art en 1994.
Il a joué au festival "Stratford Shakespeare" pendant deux années. Shanks fait ses débuts au cinéma dans "L'Appel de la nature" et a été souvent invité sur des séries télévisées comme Highlander, Aux delà du Réel... Il a aussi joué dans la série Andromède le temps d'un épisode avec Christopher Judge (Teal'c)... Son rôle le plus connu reste celui du Docteur Daniel Jackson dans Stargate SG-1 et Stargate Atlantis puis Stargate Universe qu'il occupe depuis plus de 10 ans.
Grâce à ce rôle, de nouvelles portes se sont ouvertes dont la participation à 24 Heures chrono, Smallville, Sanctuary ou les deux dernières productions en date, Faces in the Crowd avec Milla Jovovich et Sarah Wayne Callies (Dr Tancredi dans Prison Break) ou encore Red Riding Hood avec Gary Oldman.