Charles Quint, lui aussi, est engagé à l’intérieur de son royaume dans la besogne ardue de la reconquête.
En 1525, il devra faire face au soulèvement des Mores, qui font la guérilla dans la Sierra de Bernia, et qui sont vaincus enfin par le duc de Segorbe.
En 1526, les Mores de Grenade s’associent aux insurgés.
Charles Quint arrive finalement à apaiser la rébellion.