Argan, le protagoniste principal de la pièce, est un veuf hypocondriaque, qui se ruine en consultations et en médicaments, à tel point qu'il envisage sérieusement de marier sa fille aînée, Angélique, à un jeune médecin de sa connaissance. Mais la jeune Angélique, elle, a récemment fait la connaissance du beau Cléante qu'elle aimerait épouser. Aussi, la nouvelle de son mariage prochain avec Thomas Diafoirus la désole. La servante Toinette et le frère d'Argan, Béralde, parviennent cépendant par ruse à ouvrir les yeux à Argan : en feignant d'être mort, il découvre que sa nouvelle femme est hypocrite, et que sa fille l'aime vraiment. Il ne suffisait que de se débarrasser de ces escrocs de médecins pour que le bonheur soit rétabli dans la maisonnée d'Argan.
Satire de la médecine, déjà amorcée que Le médecin malgré lui, Le malade imaginaire tourne en dérision les médecins, aux idées extravagantes et aux méthodes couteuses, qui parlent latin pour dissimuler leur ignorance. Il suffirait d'utiliser un jargon incompréhensible et de porter la robe du médecin pour passer pour savant. Mais au-delà des médecins, Molière remet en cause la médecine elle-même, par le biais du personnage de Béralde, qui ne croit pas qu'un homme puisse en soigner un autre. En effet, Molière étant très malade au moment de l'écriture de la pièce, il ne croyait probablement plus à la médécine, à supposer qu'il y ai jamais cru. Mourant, Molière parvient encore à se rire de la mort, qui devient dans la pièce un état artificiel et provisoire.
On retrouve également les grandes thématiques du théâtre de Molière : un mariage arrangé, deux jeunes gens amoureux, une servante à la langue bien pendue. Rajoutons que cette pièce inclut des intermèdes musicaux, plus laborieux à lire, car destinés à être vus. En somme, encore une pièce qu'il vaut mieux voir que lire.