A l'intérieur du mur d'enceinte fortifié entouré de douves se trouvent des parcs et des bâtiments étalés sur 275 000m². Parmi les nombreux bâtiments, deux sont particulièrement importants :
Le palais Ninomaru, construit sur 3300m² possède un gigantesque portail d'entrée et consiste en une succession de pièces, de plus en plus vastes et de plus en plus richement décorées. Les diverses salles pouvaient servir de "salles d'attente successives" pour les invités. Les appartements personnels du Shogun se trouvaient au bout du bâtiment. La caractéristique la plus remarquée de ce palais est son plancher "rossignol". Il est tout à fait impossible à quiconque le foule de ne pas le faire grincer d'un son très particulier. Ce système associé à la longueur des couloirs, permettait de détecter rapidement les intrus ainsi que les potentiels assassins avant qu'ils ne parviennent jusqu'au Shogun.
Le palais Honmaru, plus petit (1600m² tout de même) et possède sont propre mur d'enceinte et douves. Le palais est composé d'appartements pour les invités, de salles de réception et de divertissement. De très nombreuses peintures ornent les murs et panneaux coulissants.
Les très jolis jardins avec leurs nombreux arbres fruitiers (cerisiers et pruniers principalement), leurs grands bassins arrangés et autres arbres taillés avec précision sont l'occasion d'une promenade relaxante au beau milieu de la ville de Kyoto.
Photo en haut à gauche : fortification du mur d'enceinte extérieur
Photo en bas : vue sur une partie du domaine, à droite le palais Ninomaru, à gauche le palais Honmaru
Voir également le plan du chateau