La classification phylogénétique en résumé.

La biologie animale fut révolutionnée au cours des 30 dernières années par l’application de la méthode de classification de Willi Hennig : la cladistique formalisée dès 1950, et qui propose de créer des groupes comportant un ancêtre commun et la totalité de ses descendants. De sorte que le concept darwinien de descendance avec modification se trouve pour la premières fois complètement  et rigoureusement exploité. Mais avant de revenir sur ces principes de classification revenons sur la démarche du classificateur et sur l’objectif d’une classification pertinente.
[Arbre phylogénétique du vivant produit de la méthode cladistique de Hennig, représentation circulaire.]
Pourquoi classer ?


Pour savoir comment classer il convient de bien définir le pourquoi de la classification. Ainsi si le disquaire classe les genres musicaux, c’est dans le but de permettre à l’amateur de trouver facilement la musique qu’il aime. Classifier ce n’est pas trier (fait de séparer un ensemble en deux groupes par exemple rock / non rock, vertèbres / pas de vertèbres). Le tri permet de réaliser des clés de détermination, mais pas de réaliser des regroupements, il n’y pas d’amateur de « non-rock ». Classifier ce n’est pas ordonner (fait de ranger les éléments d’un groupe selon une variable continue : par exemple par ordre de taille croissante) ; imaginez la Fnac avec tous les CD mélangés classés par ordre alphabétique. NON, Classer c’est réaliser des groupes de proximité entre différents éléments.  En effet l’intérêt dune classification est de rendre intelligible (compréhensible) la diversité d’une collection, qu’il s’agisse d’espèces ou de disques. 
Willi Hennig (1913-1976)
Comment classer ?
Pour classer on doit donc répondre à la question qui est plus proche de qui, cette relation de proximité des espèces (phylogénie) est à distinguer des relations de descendance (généalogie). En effet il est impossible de répondre à la question qui descend de qui, à moins qu’il existe un registre d’état civil du vivant datant de 3 Milliard d’années caché dans une jungle amazonienne…
On va donc classer les espèces en fonction des caractéristiques qu’elles partagent, en partant du principe que les espèces les plus proches sont celles qui partagent le plus de caractéristiques communes. Chaque innovation évolutive permet donc de regrouper ensemble des espèces et de former un groupe dit monophylétique qui comprend un ancêtre hypothétique (le premier à présenter cette innovation) et tous ses descendants. De cette façon, on réalise des groupes cohérent au regard de l’évolution.
La classification phylogénétique
En résumé pour classer un échantillon d’espèces quatre étapes s’imposent :  1- Recenser les caractères homologues. 2- Polariser les caractères à l’aide d’un extra-groupe, c’est à dire déterminer quels sont les caractères ancestraux et les caractères dérivés. 3- Placer sur des arbres l’ensemble des transformations évolutives.  4-Choisi l’arbre le plus parcimonieux, c’est  dire celui qui présente le moins d’hypothèses de transformation.

[Exemple de construction d’arbre phylogénétique:]-Matrice des caractères (1: indique l'état dérivé, 0 l'état primitif du caractère-Arbres possibles, avec cette matrice, seul le plus parcimonieux est retenu
Plus le nombre d’espèces importants plus le nombre d’arbres à explorer est grand, et sans informatique cette méthode cladistique est impossible à réaliser, c’est pourquoi bien que Hennig ait formalisé la procédure dès les années 50 il a fallu attendre encore 30 à 40ans pour que celle-ci soit appliquée, et il faudra encore attendre quelques années pour voir totalement disparaître la classification traditionnelle dite éclectique.
Article wikipédia
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