L'église était composée d'un vaisseau unique, de 5 travées délimitant les chapelles latérales au nombre de 14.
A la fin du XVIème siècle, on la surnomme le "fort Saint Pierre".
L'une des façades était couronnée par des mâchicoulis surmontés de créneaux. L'entrée était précédée d'un porche massif composé de 2 piliers cylindriques et d'une voute reliant les piliers à la façade de l'égilse.
Ce sont les seuls éléments de l'architecture médiévale de la cathédrale que l'on peut encore observer aujourd'hui.
Durant les guerres de religion, la cathédrale a été la cible des attaques protestantes en 1561.
En 6 heures, l'église est complètement dépouillée. Cependant, les Consuls de la ville (protestants) réussissent à préserver le trésor en établissant un inventaire.
En 1567, la cathédrale subit les assauts des protestants qui vont s'attaquer au batiment. Une tour s'effondre entraînant avec elle l'ensemble du bâtiment. Le Roi fit aussitôt reconstruire la cathédrale.
Les travaux dirigés par Revoil de 1855 à 1875 aboutissent à une reconstruction de la tour clocher et l'ajout de chapelles rayonnantes.