C'est à FANJEAUX que l'on retrouve une cruelle histoire. L'évêque cathare Guilabert de Castres y avait établi son domicile.
Simon de MONTFORT y installe aussi le quartier général de l'armée d'Ile de France en 1209. C'est de là qu'il partira pour défaire à Muret les troupes de Pierre II d'Aragon.
Mais l'hôte de FANJEAUX dont le souvenir perdure le plus est Saint Dominique. Issu de l'illustre et riche famille des Gusman, venu de CALERUEGA en Espagne, il s'établit à FANJEAUX en 1206 pour prêcher contre l'hérésie et la combattre. Il y demeurera neuf ans avant de gagner TOULOUSE. Sans sou ni maille, avec un seul bâton de pèlerin et une tunique de laine écrue, Dominique sillonne le pays et accomplit des miracles. A Montréal, il stoppe net l'orage avec un seul signe de croix et, depuis, on l'invoque contre la grêle. On dit aussi que les comètes lui obéissent... Ailleurs, alors que des paysans moissonnent le jour sacré de la Saint Jean Baptiste, sur son passage, les épis deviennent rouges de sang. Et un autel votif commémore le fait. Il est tant d'autres pierres semblables au bord des routes. A FANJEANX et à PROUILLE, il rassemble en communauté les femmes et filles cathares qu'il avait reconverties. L'année après son arrivée eut lieu, entre hérétiques et catholiques, la fameuse controverse de Montréal. La "Grande Dispute" sur l'initiative d'Aimery de Laurac, dura quinze jours, en langue commune et devant un auditoire public qui ne cessait de croître. Cela n'évita pourtant pas le choc des armes et les flammes des bûchers. A son départ de la région, Dominique laissera couvents et monastères en plein essor et ira faire rayonner son ordre et sa prédication très loin de par le monde et jusqu'en Asie. Mais l'hérésie cathare n'aura pas pour autant disparu du Lauragais.