Quand vous tranchez un oignon, vous coupez également les cellules de l'oignon libérant des enzymes présentes à l'intérieur de ces cellules. Une des ces enzymes, l’alliinase (de l'aillium, nom de latin de l'oignon), réagit alors avec un composé contenant du sulfure, connu sous le nom de « Prencso », qui lui aussi est libéré lors du tranchage de l'oignon. Cette réaction découle sur la formation de l'acide 1-propenylsulphenic, qui est convertit par la LF-synthétase en gaz S-oxyde de propanethial. Ce gaz est également connu sous le nom de facteur lacrymogène (« facteur de pleur »). D’où le nom de l’enzyme LF-synthétase (LF pour facteur lacrymogène).
Ce gaz nous fait donc pleurer à la base. Mais étant instable, lorsqu’il entre en contact avec l’eau présente à la surface des yeux, il peut à nouveau réagir pour former, entre autres, de l'acide sulfurique, qui est hautement irritant. Les larmes émises alors ne font qu’aggraver le processus de réaction chimiques en chaîne. Finalement, ce n'est donc pas la forte odeur des oignons qui nous fait pleurer, mais les gazs qu'ils émettent quand nous coupons le bulbe.
La plupart des gens commencent à se frotter les yeux, ce qui souvent produit le phénomène inverse car si vous coupiez uniquement des oignons, vos mains sont couvertes de son jus. En se frottant, cela ne fera qu'empirer. D'autres membres de la famille des oignons ont relativement moins ou pas du tout de cette enzyme et généralement ne provoquent pas de larmes en les coupant.
Il y a différentes sortes de remèdes à ce phénomène d'irritation, certains plus efficaces que d'autres. En règle générale, essayer de placer votre tête le plus loin possible des oignons, ainsi le gaz se dispersera avant d'atteindre vos yeux. Garder les oignons humides ou les couper sous l'eau est très efficace car le gaz réagit immédiatement avec l'eau qui se trouve autour de l'oignon et ainsi n'atteint pas les yeux. Des lunettes (ou des lunettes protectrices) empêchent également le gaz de pénétrer les yeux jusqu'à un certain niveau, les lunettes de protection étant les plus efficaces (bien que peu pratiques). Refroidir les oignons peut également aider, car l'activité enzymatique est ainsi ralentie et cuisiner les détruit.
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