Le bénéfice de la NBI est maintenu aux fonctionnaires dans les mêmes proportions que le traitement pendant la durée :
1) des congés de maladie ordinaire. La NBI est versée dans sa totalité pendant les 3 premiers mois, elle est ensuite réduite de moitié pendant les 9 mois suivants.
2) des congés de longue maladie. La NBI est maintenue tant que l’agent n’est pas remplacé sur l’emploi qu’il occupait. Elle est versée en totalité pendant un an et réduite de moitié pendant les deux années suivantes.
A contrario, la NBI est supprimée pendant la durée du congé de longue durée que l’agent bénéficiaire de la NBI ait été remplacé ou non dans ses fonctions.
3) des congés annuels, des congés bonifiés,
4) des congés pour accident de service ou maladie professionnelle,
5) des congés de maternité, de paternité ou d’adoption,
En ce qui concerne les fonctionnaires autorisés à travailler à temps partiel pour raison thérapeutique, ils perçoivent "l'intégralité de leur traitement", par dérogation aux dispositions de droit commun applicable aux agents à temps.
Les " jours ARTT " n’ont aucune incidence sur l’attribution de la bonification indiciaire dans la mesure où ils correspondent à des périodes de récupération. Durant l’utilisation des jours épargnés sur son compte épargne temps, le fonctionnaire conserve le bénéfice de la nouvelle bonification indiciaire.
Le temps partiel, la cessation progressive d’activité et l’occupation d’un ou de plusieurs emploi(s) à temps non complet entraînent une réduction de traitement proportionnelle à la quotité de travail effectué, il convient d’en tenir compte pour l’octroi de la NBI.
Références : loi n° 84-53 du 26 janvier 1984, décret n° 91-298 de mars 1991, décret n° 93-863 du 16 juin de mars 1991, décret n° 87-602 du 30 juillet 1987, circulaire n° 94-54 du 30 décembre 1994.