Il devient le Runningback starter en 2002 et il réalise sa 1ère saison à plus de 1000 yards (1388) et inscrit 13 TD à la course il est d'ailleurs sélectionné pour le probowl, les 2 saisons qui suivent tous se déroulent aussi bien, Deuce réalise une saison à 1641 yards et 8 TD avec une sélection au probowl en 2003. Lors de la saison 2004 il court pour 1074 yards et marque 9 TD. C'est le 1er joueur des Saints à réalisé 3 saison à plus de 1000 yards
La saison 2005 se termine prématurément pour The Deuce il ne participe qu'à 5 matchs avant de subir une déchirure aux ligaments croisés du genoux droit.
Mais le 24 septembre 2007 tout bascule pour le N°26 des Saints lors du match contre les Titans du Tennessee il se reblesse au ligament du genoux droit ce qui met fin à la saison de Deuce après seulement 3 matchs ! C'est le début d'la fin pour Deuce McAlliste malheureusement !Il revient pour la saison 2008 ou il participe à 13 match mais n'en débute que 6. Lors de la saison 2008 il court 107 fois pour 418 yards et 5 TD. Le 24 novembre 2008 contre les Packers de Green Bay il inscrit le 54ème TD (courses et récéptions confondu) et il devient le meilleur marqueur de Touchdown de la franchise de Louisiane !
Il décide de prendre sa retraite a la fin de la saison 2008 se retirant aprés 8 ans de bons et loyaux services et surtout 1429 course, 6096 yards à la course et 49 TD ! GOOD JOB GUY !
Il sera resigné par les Saints en janvier 2010 après le match contre les Cardinals en tant ue capitaine d'honneur de la franchise.