Une estimation universitaire évalue
que du XIe au XVIe siècles, de l'an 1000 à l'an 1525, 80 millions d'Hindous auraient été tués par la répression musulmane sans parler des famines et autres calamités naturelles
engendrées par la guerre.
En l'an 1000 la conquête islamique de l'Afghanistan fut suivie par la destruction de toute la population hindoue de cette région. Le nom "Hindu Kush" signifie aujourd'hui encore le massacre des
hindous.
Les sultans turcs Bahmani, qui régnèrent sur le Deccan de 1347 à 1425, avaient fixé un quota annuel de 100 000
hindous.
En l'an 1399, le turco-mongol Tamerlan aurait fait mettre à mort de sang-froid en une seule journée 100 000 Hindous prisonniers lors de la prise de Delhi. Les têtes
des victimes s'entassaient en énormes pyramides. Après quoi, un certain nombre d'Hindous embrassèrent l'islam pour échapper à la mort.
Le fait qu'une disposition à la culture et une sensibilité développée puissent aller de pair avec la bigoterie et la cruauté trouva son illustration avec Firuz Shah,
qui gouverna le Nord de l'Inde à partir de 1351. Ce chef musulman tyrannique, bien qu'éduqué, surprit un jour une célébration hindoue dans un village, et ordonna que toutes les personnes
présentes soient exécutées. Il raconta fièrement qu'après avoir perpétré le massacre, il détruisit les temples et fit ériger des mosquées à leur place.
L'empereur Moghol Akbar a laissé le souvenir d'un monarque tolérant, du moins selon les standards musulmans en Inde : au cours de son long règne (1542-1605), on ne peut porter à son
actif qu'un seul massacre, quand, le 24 février 1568, il ordonna la mise à mort de près de 30 000 prisonniers rajpoutes après la bataille de Chitod. Mais si Akbar accepta les autres religions et
toléra la célébration publique de leurs cultes, s'il abolit l'impôt sur les non-musulmans, son intérêt pour les croyances différentes ne reflétait pas un quelconque esprit de tolérance musulman.
Bien au contraire, cette attitude indiquait une propension à la libre-pensée dans le domaine religieux qui l'amena finalement à une apostasie complète. Ses plus hautes actions consistèrent en une
déclaration formelle de son infaillibilité en matière religieuse, sa promulgation d'un nouveau credo et son adoption des fêtes et pratiques hindoues et zoroastriennes. C'est un modèle dans
l'histoire musulmane que l'on ressasse encore et toujours, y compris à l'heure actuelle : pour peu que l'on découvre un musulman raisonnable, éclairé et tolérant, un examen plus minutieux laisse
apparaître qu'il s'agit de quelqu'un qui a commencé par être musulman, et qui progressivement s'est éloigné de l'orthodoxie de cette foi.
Le dernier des grands empereurs moghols, Aurangzeb (1618 – 1707) fut intransigeant sur l’islam et est responsable de beaucoup de destructions de temples hindous. Les
chroniques de l’époque rapportent que : "Aurangzeb ordonna à tous les gouverneurs de province de détruire tous les temples et toutes les écoles des païens et de mettre radicalement fin à
tous les enseignements et les pratiques païennes.
Aurangzeb fit décapiter, après l’avoir torturé, le 11 novembre 1675, le maître sikh Tegh Bahadur (9ème gourou des Sikhs) parce qu'il refusait de se convertir.
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