Hiro et Peter se retrouve pour la premiere foi face à face depuis la fin de la saison 1. Peter doit sauver le monde du virus Shanti tandis que Hiro doit venger la mort de son père. Peter se rend à Primatech Paper au Texas avec son nouvel ami (Adam Monroe alias Takezo Kensei) pour détruire le virus qui est censé tuer 93% de la population du monde (petit clin d'oeil a l'Armée des 12 singes de Terry Gilliams ?). Maya doit faire un choix entre Alejandro et Sylar et Nathan apprend que son frère est toujours en vie.