La loi prévoit qu'elles le soient toutes en 2012. Cette autonomie permet aux universités de gérer leurs budgets et leurs ressources humaines. Le président de Paris 13 Nord, Jean-Loup Salzmann a expliqué à l'AFP « L'augmentation annuelle des moyens, la prime de passage à l'autonomie et les marges de manœuvre vont nous permettre d'augmenter de 30 % les primes des personnels Biatoss [Bibliothécaires, Ingénieurs, Administratifs, Techniciens, Ouvriers de Service et de Santé] au 1er janvier et on va créer en 2010 des emplois d'enseignants et de Biatoss ».
Selon le président de Paris 5 Descartes (université autonome depuis 2009), Axel Kahn : « C'est beaucoup plus de travail, mais beaucoup plus de marges de manœuvre ». Cela dit effleurant la question du financement, il regrette que le système des fondations censées attirer les fonds privés, ne fonctionne pas.
Le président de Paris 6, Jean-Charles Pomerol, affirme pour sa part dans Le Monde qu'aujourd'hui on peut allouer « moins de 10 000 euros par étudiants » alors que d'autres pays comme la Suisse ou l'Angleterre sont « dans une fourchette 15 000 à 20 000 euros » par étudiants.