A l'heure actuelle, le système de protection des brevets en Europe n'a pas donné lieu, comme c'est le cas pour les marques, à la création d'un système de brevet unique valable pour l'ensemble du territoire de l'UE. L'Office européen des brevets peut tout au plus vérifier que les conditions d'obtention d'un brevet sont remplies mais celui-ci est ensuite divisé en autant de brevets nationaux.
La création d'un système unique est devenu une sorte de serpent de mer. Pourtant, la présidence suédoise de l'Union semble avoir marqué des points. D'après les conclusions du Conseil du 4 décembre, un système de brevet UE et une Cour européenne des brevets UE (composée d'une Cour de première instance, d'une Cour d'appel et d'un bureau d'enregistrement). La Cour de Justice de l'Union européenne serait chargée, en dernier ressort, d'assurer la primauté du droit européen et son interprétation uniforme.
Reste la complexe question de la traduction des brevets (ce qui en augmente sensiblement le coût par rapport aux brevets américains ou japonais...) qui ne trouve pas vraiment de réponse dans le document. Cette question est renvoyée à un accord séparé.