Le programme de modernisation au standard F3 des Rafale Marine livrés au standard F2 s'est achevé fin septembre. Ayant réalisé 5300 heures de vol depuis leur livraison, à partir de 2006, les appareils ont été « rétrofités » par les équipes de Dassault Aviation et de l'aéronautique navale. Le groupe aérien embarqué aligne donc aujourd'hui uniquement des Rafale F3, capables notamment de mettre en oeuvre le missile nucléaire ASMP-A et le Pod de reconnaissance Reco NG. Les F3 pourront aussi délivrer le missile antinavire Exocet AM 39, ainsi que toute une panoplie d'armements (bombes guidées laser, AASM, missiles air-air Mica...)