Les origines de la Chapelle remontent à l'an 1014.
De jeunes bergers, voyant leurs moutons s'agenouiller devant un buisson, aperçoivent une statue de la Vierge. Bien vite, les pèlerins se pressent et les miracles sont nombreux.
Bauduin V, Comte de Flandre ,au XIe siècle fait bâtir une chapelle, qui prend le nom de N.D.de Réconciliation, à la suite de réconciliations éclatantes.
La Comtesse Jeanne de Flandre , reconstruit cette chapelle au XIIIème: la nef actuelle correspond à cette partie médiévale.
En 1622, les pèlerinages sont confiés aux Jésuites qui organisent un chemin jalonné d'oratoires (la rue des Stations a remplacé ce chemin).
En1793, Bauduin Bigo achète le monument pour le sauver de la destruction. Grâce à un prêt de Mr Vandercruisse de Waziers, il est racheté en 1801 par la commune d'Esquermes pour remplacer l' Eglise paroissiale démolie en 1799 pendant la Révolution.
La Chapelle faillit être détruite à nouveau après la construction de la nouvelle Eglise mais est sauvée par la Commission Historique du Nord et le Vicomte de Melun. Elle est tout de même mise en vente en 1853 et sauvée une nouvelle fois par la famille Vandercruisse de Waziers.
En 1902, le Couvent des Clarisses attenant est détruit. La chapelle, confisquée, est acquise à nouveau par MM.D'Hespel et Vandercruisse et remise à la disposition de la paroisse avant d'être cédée au diocèse en 1933.
La Chapelle, plus vieil édifice religieux de Lille, est une belle petite église rurale, qui a résisté à tous les aléas de l'histoire, grâce à la générosité des paroissiens.
Aujourd'hui, l'association des Amis de la Chapelle essaie de la sauver, la restaurer, l'embellir.