Synopsis:
L'histoire se déroule entre l'épisode II et l'épisode III de la Saga Star Wars. Anakin, Ahsoka et les chevaliers Jedi ont pris le commandement de l'armée des Clones de la République afin de résister aux Forces du mal menées par le Général Grievous. Dans le premier épisode, Asajj Ventress l'assassin redoutable de Count Dooku défie Yoda, qui prouve la puissance des Jedi en dirigeant le combat de trois clones contre toute l'armée des droïdes. Dans les épisodes 2-4, le Malveillant, l'énorme vaisseau de guerre séparatiste provoque le chaos dans la République. Le chevalier Jedi Anakin Skywalker dirige une attaque d'escadrons de clones contre ce navire destructeur, l'endommageant mais ne le détruisant pas. Quand Padmé Amidala et C-3PO tombent dans un piège et sont pris en otage à bord du vaisseau, Anakin et Obi-Wan l'infiltrent en espérant secourir les prisonniers et détruire le Malveillant de l'interieur. Dans l'épisode final, Le clone Capitaine Rex et le commandant Cody doivent guider leur équipe de recrue afin d'éviter l'invasion d'un commando droïde.