Avec Flex 3 beta 2 on peut maintenant utiliser le profiler sur des applis AIR, mais ça ne fonctionne pas automatiquement il faut faire une petite manipulation avant.
J'explique pour Mac
Vérifier l'existence du fichier
/Library/Application Support/Macromedia/mm.cfg
Library c est bibliothèque au cas ou ...
Si le fichier n'existe pas le créer puis dedans copier coller ceci
PreloadSwf=/Users/Stef/Documents/Flex Builder 3/.metadata/.plugins/com.adobe.flash.profiler/ProfilerAgent.swf?host=localhost&port=9999
Attention de bien remplacer le nom du user par le votre (ici en rouge).
Ensuite relancer soit flex builder soit eclipse selon votre environnement de dev.
et vous pouvez maintenant profiler vos applis AIR, génial !!, petit bémol le debug ne fonctionne plus .... on ne peut pas tout avoir, enfin pour le moment .... donc pour repasser en debug supprimer la ligne.