Yagyû Sekishûsai Taira-no-Munetoshi est né en 1529 dans le village de Yagyû (l'actuelle Nara) dans la province de Yamato. Le clan Yagyû avait dû se soumettre aux Tsutsui en 1544, et les servir pendant huit ans. Le jeune Munetoshi étudia alors les arts martiaux et libéraux. Il devint réputé au maniement du sabre et de la lance. L'école qu'il étudia alors n'est pas claire. Il aurait étudié le Shintô ryû, selon un enregistrement sur les rouleaux de la famille, sous la direction d'un certain Kantori Shinjurô. Mais « Kantori » pourrait très bien être une mauvaise lecture du kanji « Katori », ce qui voudrait dire que l'école était en fait la très fameuse «Katori shintô ryû ». Toujours est-il que sa réputation de combattant et de meneur d'hommes faisait que les Tsutsui donnaient aussi bien leurs ordres à son père qui avait 50 ans qu'à lui qui n'en avait qu'une vingtaine.
En 1559, le seigneur Hisahide Matsunaga décida d'attaquer les Tsutsui pour prendre le contrôle de la province de Yamato. Il envoya un message à Munetoshi lui promettant de restaurer la famille Yagyû sur ses anciennes terres contre une aide dans la bataille. Munetoshi se battit comme un diable contre ses anciens oppresseurs et reçut une citation pour son courage à la bataille de To'unomine. Alors que l'armée de Matsunaga battait en retraite, Munetoshi formait l'arrière garde. Blessé, il continua à se battre avec une lance et tua plusieurs soldats. Il failli mourir et ne dût son sauvetage qu'au sacrifice d'un certain Matsuda Muneshige. Les Tsutsui furent défait et le clan Yagyû devint prospère sous la domination de Matsunaga. Bien des années plus tard, en souvenir du sacrifice qui lui sauva la vie, il donnera une licence de l'école Shinkage ryû à Genjiro Muneshige, le fils de son sauveur.
Un jour de 1564, un étrange voyageur en chemin pour Kyotô vint visiter la province d'Ise. C'était Kamiizumi Hidetsuna, appelé ensuite Nobutsuna (voir l'histoire de l'école Shinkage ryû). C'était un sabreur de génie. Il avait réorienté sensiblement l'école Kage ryû (école de l'ombre) pour en faire un style tout à fait efficace. Il avait remonté les postures de base, opté pour une amure légère et des déplacements rapides. Sa grande idée était de permettre à son style de s'adapter à l'armement de l'adversaire, contrairement à ce qui se faisait habituellement jusqu'ici. Par exemple, face à une lance, la technique empi (traduite par « l'hirondelle prend son vol ») consiste à jeter un sabre pour harponner l'ennemi. Nobutsuna faisait également grand cas de l'art de la stratégie. Il prenait en compte le terrain, la géographie, le jour et l'heure de la bataille. Mais ce qu'il voulait surtout c'était passer du sabre qui tue (satsujin-ken) au sabre qui donne la vie (katsujin-ken). Il disait surtout que le principe fondateur de l'école « de la nouvelle ombre » (shinkage) était de « bouger en esprit pour pouvoir bouger avec le corps » en entrant dans l'esprit de l'adversaire afin de trouver son rythme propre. Toute l'idée de kage (l'ombre) est là : devenir l'ombre de son ennemi et se mouvoir en harmonie avec lui.
(Kamiizumi Hidetsuna, qui deviendra Nobutsuna)
Hidetsuna demande au Daimyo de la province s'il existait dans les environs un guerrier valable avec un sabre à la main. Munetoshi fut désigné. Suite à un match amical entre le neveu (Hikita Bungoro), l'uchi-deshi (Suzuki Ihaku) ou Hidetstuna lui-même (selon les versions), Munetoshi fut battu rapidement. Il invita alors le maître de l'école Shinkage ryû à venir dans son village de Yagyû afin de l'entraîner pendant une partie de l'année. Lorsque Hidetsuna reprit son périple vers Kyotô, il donna une mission à Munetoshi : travailler le concept de Mutô dori. Mutô veut dire sans sabre, et par extension, sans arme, face à un adversaire armé. Au retour du maître, Munetoshi montra avec succès face à Ihaku qu'il pouvait désarmer n'importe qui. Content de sa prouesse et de son imagination, Hidetsuna délivra à Munetoshi un inka-jô, soit le titre le plus haut de l'école Shinkage-ryû, ainsi que l'autorisation d'enseigner. Hidetsuna reviendra voir son élève, notamment lors du dernier et long séjour de 1572 et restera toujours favorablement impressionné par les talents de ce dernier.
Hidetsuna n'ayant aucun enfant, il laisse les rennes de l'école à Yagyû Munetoshi. Il rajoute alors le nom de sa famille devant le nom de l'école dont il a reçu la charge. Désormais il faut parler de l'école Yagyû shinkage ryû. La carrière de général de Munetoshi n'est pas forcément un modèle du genre. Complots et défaites, alliances et retournements montre surtout un talent pour la capacité à s'adapter aux situations. Il perd son fils ainé, Toshikatsu, en 1571 mais continuera à se battre jusqu'en 1577. Il semble que c'est plus ou moins à ce moment-là qu'il décide d'abandonner sa carrière de général et de se retirer dans son village de Yagyû, alors qu'il n'est âgé que de 48 ans. Il est probable également que la mort de son maître cette même année joue un rôle dans cette décision. Désormais il se consacre à l'étude du sabre et l'enseigne en priorité à ses fils et aux membres du clan Yagyû. En 1589 il rédige le Yagyû kaken, qui est aussi bien des mémoires qu'un traité de conduite à l'égard de sa descendance qu'il espère nombreuse. En 1593, il prend la robe et devient moine bouddhiste sous le nom de Sekishûsai Songon et rédige cette fois le Heihô hyakka (Cent chants de stratégie), qui traite de la stratégie, de l'utilité, de l'entraînement et des buts des arts martiaux.
Malgré sa réclusion au village, en 1594 le fidèle général du shogun Hideyoshi Toyotomi, qui n'est autre qu'Ieyasu Tokugawa, entend parler de la réputation de la Yagyû shinkage ryû et de ses techniques mutô dori. Il s'arrange pour rencontrer Munetoshi au nord de Kyoto, avec le cinquième fils de celui-ci, Munenori. Après une démonstration de quelques katas, de la philosophie de l'école, Ieyasu Tokugawa saisi un bokuto et demanda une démonstration sur lui des techniques mutô dori. En un clin d'œil son bokuto volait en l'air tandis qu'il était frappé dans le dos. Ieyasu, passionné depuis longtemps par les arts martiaux, demanda alors à devenir son disciple, mais Munetoshi refusa en invoquant son grand âge et lui proposa son fils Munenori. Ieyasu accepta et signa le keppan de l'école. Mais il fit bien plus que cela, puisqu'il déclara l'école et le clan Yagyû fidèle soutien des Tokugawa.
Cette même année 1594, le « fisc » du shogun découvrit que Munetoshi n'avait pas déclaré certains champs de riz. Toutes ses terres lui furent alors confisquées. Il continua imperturbablement à enseigner et étudier le sabre en particulier à son petit-fils Hyôgonsuke Toshitoshi, ainsi qu'à Takeda Ujikatsu, le chef de l'école de théâtre Nô Konparu-ryû. Ceci explique pourquoi les déplacements et les mouvements du Nô sont similaires à ceux des pratiquants de l'école Shinkage ryû.
En 1597 Sumitoshi, le petits fils ainé de Munetoshi, fut tué dans la bataille de conquête de la Corée. Comme il était le successeur potentiel du clan qui aurait permis de récupérer les terres, la situation des Yagyû devint critique. Munetoshi ne voulant pas imposer un poids supplémentaire, demanda par testament que l'on vende son matériel pour la cérémonie du thé afin de couvrir les frais de son enterrement. Mais le shogun Hideyoshi vint à mourir et la guerre de succession fit rage en 1600 entre Ieyasu Tokugawa et Ishida Mitsunari. Ieayasu était dans la province de Shimotsuke afin de mettre fin au soulèvement du clan Uesugi quand il apprit que l'armet de Mitsunari faisait mouvement dans son dos. Il renvoya alors à son professeur Munenori au village Yagyû afin de demander à son père Munetoshi de rassembler des forces, ce qu'il fît. Mais âgé de 71 ans, il laissa le soin à son fils de retourner avec les soldats auprès de Ieyasu. Les forces des Yagyû arrivèrent un jour avant la bataille et tinrent bons pendant l'affrontement. Le premier geste d'Ieyasu fut de rendre toutes les terres au clan Yagyû.
Pendant ses dernières années, le quatrième fils de Munetoshi, Gorôemon Muneaki, est au service de Hideaki. Mais celui-ci meurt en 1602. Il devient alors rônin (guerrier sans maître) puis fut prit par le seigneur Yonago. Dans une tentative de soulèvement, son seigneur fut battu et il mourut après avoir tranché pas moins de 18 hommes. Quant au petits fils de Munetoshi, Toshitoshi, il servait le grand général Kato Kiyomasa dès 1604. Mais il dut quitter son service après un complot, seulement après une année. Il en profita pour devenir musha shugyô, c'est-à-dire élève itinérant, allant étudier les écoles de sabre et défiant les grands professeurs qu'il pouvait rencontrer. En 1606, il fut rappelé en urgence au village de Yagyû. Le temps d'arriver et Munetoshi était gravement malade. Il transmet les terres à Toshitoshi, l'école, la licence de transmission ainsi que les rouleaux rédigés de la main de Hidetsuna.
Le clan Yagyû et son école shinkage ryû sera désormais étroitement liée au pouvoir des Tokugawa. A la fois maîtres d'armes à la cour du shogun, conseillers, gardiens de temple, bras armé ou service d'espionnage, les nombreux successeurs feront tout pour conserver et fortifier leurs pouvoirs, jusqu'à l'ère Meiji. Pendant trois bons siècles, ils feront la pluie et le beau temps aux côtés des Tokugawa. Bien sûr, de nombreux maîtres de sabre sortiront du lot et apporteront leur pierre à l'école, mais ceci est une autre histoire.