Il quitta le ministère de la Culture, où il occupait le poste de directeur adjoint du livre et de la lecture en janvier 2008, pour intégrer le CNL, et remplacer par là même Anne Miller, au poste de secrétaire générale, à compter du 15 janvier 2008.
Mais Marc-André Wagner ne sera finalement pas resté en poste bien longtemps puisque nous apprenons que pour des raisons personnelles, il a décidé de quitter cette situation.
Enfin, raisons personnelles, c'est beaucoup dire : par décret du 5 juin 2009, MAW a été nommé inspecteur des affaires culturelles et rejoint donc les services idoines.
Il avait été proposé au poste de secrétaire général par Benoît Yvert. Accessoirement, MAW s'est vu remettre les insignes de chevalier de l'ordre national du mérite par Renaud Donnedieu de Vabres, alors ministre de la Culture, en avril 2006.