C'est pourquoi Valérie Pécresse s'est engagé à ne pas supprimer d'emplois dans la recherche en 2010. Pour les syndicats, il s'agit là d'un point positif, propice à revenir autour de la table des discussions. Néanmoins, ils attendent des réponses claires « sur les organismes de recherche, qui ne doivent pas être transformés en simples agences de moyens, mais qui doivent rester maîtres de leur politique scientifique » a notamment affirmé à l'AFP Patrick Monfort, du syndicat de chercheurs SNCS-FSU.
Un point de la réforme souhaitée par le gouvernement fait effectivement problème. Des instituts de recherche seraient créés par discipline, ce qui, chez les syndicats, soulève la crainte de voir les grands organismes nationaux (CNRS ou Inserm) perdre de leur pouvoir de décision dans le cadre des orientations à donner aux recherches. De son côté, Valérie Pécresse a réaffirmé sa volonté de « construire un espace de recherche cohérent, ouvert, bâti sur l'émulation et sur la coopération ».