Le Mouvement Franche-Comté va présenter sa propre liste de la société civile aux prochaines élections régionales de mars 2010. « Elle aura pour seul et unique programme l'organisation d'un référendum sur l'avenir de la Franche-Comté et celui de ses habitants et elle aura pour seul objectif de récolter à cette occasion le maximum de voix, c'est-à-dire de signatures, en faveur d'un tel référendum d'initiative populaire », explique son président Jean-Philippe Allenbach. Pour le MFC, un score de 10 % « rendrait incontournable une nécessaire consultation de la population franc-comtoise. » Jean-Philippe Allenbach avait déjà été tête de liste du Parti fédéraliste aux régionales de mars 2004.