Sous contrat jusqu’en juin 2010 avec Dortmund, Frei est barré par une concurrence accrue dans le secteur offensif avec les Valdez et Zidan. Utilisé par intermittence par son entraîneur, Jürgen Klopp, le joueur vivrait très mal sa situation actuelle. : "Je me plais bien à Dortmund. Les supporters sont contents de moi, mais le problème c’est que pour mon entraîneur, je ne suis plus un titulaire" commente t-il. Pourtant les statistiques de l’attaquant helvète sont assez impressionnantes depuis son retour de blessure. Cette saison, il comptablise neuf buts dont cinq sur pénalty en vingt matchs de Bundesliga.
Avant de rejoindre le Borussia Dortmund, l’international suisse avait joué quatre saisons à Rennes. Lors de son départ, il laissa un souvenir impérissable du coté de la Route de Lorient par ses nombreux buts. En 100 matchs de Ligue 1, Frei a marqué 47 buts avec les Rouge et Noir et a même eu l’honneur de finir meilleur buteur du Championnat de France lors de la saison 2004-2005.