Le Tokyo Anime Fair c'est aussi le lieu où sont décernées les récompenses les plus prestigieuses de l'animation japonaise. Il y a deux catégories principales. L'une récompense les films (ou séries) diffusés dans l'année écoulée, c'est-à-dire en l'occurrence du 1er novembre 2007 au 31 octobre 2008. Cette catégorie se nomme Nominated Works. La deuxième, Submitted Works récompense les jeunes talents qui présentent leur travail. Il s'agit d'un prix international.
Enfin, il y a aussi le Grand Prix doté de 1 million de yens (soit pas loin de 8 500 E) et le Award of Merit, qui comme sont nom l'indique récompense une personne dont le travail a apporté beaucoup à la japanimation. Pour en savoir encor plus sur l'édition 2009 rendez-vous sur le site du Tokyo Anime Fair. Attention, il n'y a pas de version française du site, alors il faudra lire en anglais (ou en japonais pour les plus courageux).