Le rôle de M. Topolanek est ambigu vis-à-vis du traité de Lisbonne. Plus pragmatique que le président de la République, Vaclav Klaus, il cherche à ménager les eurosceptiques de son parti et ses partenaires européens. Officiellement favorable à la ratification, il a pourtant déclaré devant le Parlement européen, le 14 janvier :
"Le traité de Lisbonne est pire que le traité de Nice : c'est ainsi que je le vois à titre personnel. J'ai négocié et signé le traité, nous l'avons approuvé et je voterai au Parlement. Mais l'idée que nous devrions dire à tous les Etats membres qu'ils sont tenus de ratifier le document est absurde."
Devant l'indignation manifestée par de nombreux eurodéputés, M. Topolanek a indiqué :
"Il ne faut pas introduire au forceps ce traité. Bien sûr, nous en avons besoin, car cela faciliterait le fonctionnement de l'UE."
Le parti du premier ministre, l'ODS, est très divisé sur ce texte. Or, pour le ratifier, la majorité des trois cinquièmes est requise au Parlement tchèque.