La baronnie va encore changer et rechanger de main, passant de la couronne à un seigneur ou un autre et vice-versa. Les différents sont nombreux en son sein.
Lansargues veut se fortifier et Lunel ne veut pas... Marsillargues conteste des droits de passage sur une roubine... On vote la remise en état des berges du Vidourle et on s'occupe du canal... Mais bientôt les conflits religieux vont mettre le pays à sang. Lunel n'aura sans doute jamais connu une tension aussi grande et aussi longue.
En 1561, Marsillargues est représentée au colloque protestant de Montpellier (le bourg agricole comptera une centaine de départs en exil après la révocation de l'Edit de Nantes et 71 % de protestants au début du XIXème siècle).
A Lunel, on abattra un temps les édifices catholiques mais on changera aussi de bord...D'autres "Villettes" resteront acquises à la vieille religion.
Les choses ne s'arrêtent pas là ! En 1622, ce bourg sur le Vidourle est définitivement aux catholiques. La même année, la plaine aujourd'hui si paisible entre Saint Just et Lansargues voit 400 hommes du calviniste de Rohan, partis de Lunel en renfort vers Mauguio, défaits par la cavalerie légère du Languedoc, près du vieux couvent de l'Arboras. Le 2 août, Lunel est prise par le prince de Condé, non sans pertes, et 3 charrettes de poudre y font explosion, détruisant des maisons et tuant une soixantaine de personnes. Louis XIII va y faire son entrée quelques jours plus tard et ordonnera la démolition des remparts....