En 1566, l'Empereur Maximilien II, lui confère le rang d'Académie, puis elle devient université en 1621 et université royale en 1631.
En 1970, l'université de Strasbourg a été subdivisée en trois institutions :
Université Strasbourg I (Université Louis-Pasteur) ;
Université Strasbourg II (Université Marc-Bloch) ;
Université Strasbourg III (Université Robert-Schuman).
L'Université Louis Pasteur (ULP),université de plus de 18 500 étudiants, se distingue par des contributions scientifiques qui la hissent parmi les toutes premières universités françaises et européennes. Cette particularité est renforcée par l'interdisciplinarité des recherches ainsi que par une collaboration forte et ancienne avec le CNRS, l'INSERM et désormais avec l'INRA. L'ULP progresse en explorant par exemple de nouveaux domaines scientifiques dans l'interface de la biologie et de la chimie avec la physique, la médecine et l'informatique.
Elle est la seule université française située en région à faire partie des 100 meilleures universités du monde (99e en 2007) d'après un classement académique des universités mondiales.
Il est envisagé,à partir du 1er janvier 2009, la fusion de l'université Louis-Pasteur avec les deux autres universités strasbourgeoises, le nouvel ensemble formant alors l'Université de Strasbourg (UdS).La fusion des universités de Strasbourg dans une université unique aborde une étape symbolique. Jusqu'au 9 décembre 2008, près de 45 000 étudiants et personnels élisent les représentants qui siégeront aux trois conseils centraux de l'Université de Strasbourg (UDS). Les résultats seront connus le 11 décembre. Le calendrier sera ensuite très serré avant le 1er janvier 2009, date où tout doit être en place pour que la fusion s'opère.
Quelques chiffres:
Près de 18 500 étudiants.
1 400 enseignants-chercheurs.
1 700 ingénieurs, techniciens, ouvriers et personnels administratifs.
18 composantes (unités de formation et de recherche, facultés, écoles d'ingénieurs et instituts).
13 fédérations de recherche regroupant 74 unités de recherche (dont 44 liées au CNRS, 10 à l'INSERM, 1 à l'INRA).
Quelques personnalités liées à l'Université Louis Pasteur:
Karl Ferdinand Braun (1850-1918), professeur de physique à l'université de Strasbourg, prix Nobel de physique en 1909 ;
Albrecht Kossel (1853-1927), médecin, prix Nobel de médecine en 1910 ;
Albert Schweitzer (1875-1965), théologien, philosophe et médecin, prix Nobel de la paix en 1952
René Thom (1923-2002), mathématicien français, fondateur de la théorie des catastrophes, lauréat de la médaille Fields en 1958 ;
Jean-Marie Lehn (né en 1939), spécialiste de la chimie supramoléculaire, prix Nobel de chimie en 1987.