La ville est construite sur les berges Nord-est du lac Tanganyika.
Bujumbura s’est développée à partir d’un petit village lorsque l’Empire allemand d’Afrique de l’Est y établit un avant-poste militaire.
Après la Première Guerre mondiale, elle devient un centre administratif de l’administration belge du Ruanda-Urundi sous mandat de la SDN.